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利用Codon W、CUSP及R语言等软件对2种玉兰属植物叶绿体基因组密码子的使用偏好性进行分析。结果表明：两者叶绿体基因组密码子的GC含量均为GC1＞GC2＞GC3，说明密码子第3位碱基A/U含量高。大部分有效密码子数（ENC）都在45以上，CAI平均值为0.167，说明密码子偏好性弱。ENC-plot、PR2-plot及中性绘图分析表明GC1、GC2与GC3之间相关性不明显；且第3位碱基使用频率为T＞ A,G＞ C，说明2种玉兰属植物叶绿体基因组密码子的偏好形成受到自然选择和基因突变的共同影响，自然选择为主要影响因素。利用相对使用度（RSCU）、ENC值共筛选出30个最优密码子，大部分以A/U结尾，证明二乔玉兰和日本辛夷2种玉兰属植物叶绿体基因组密码子第3位碱基偏好A/U。