1．自开票纳税人资格的认定问题。企业申请自开票纳税人要求具备“交通管理部门核发的道路运输经营许可证”，还要求“具有自备运输工具”。由此产生的问题有，一是许多大城市不允许货运车辆进城，物流企业大多采取“客车”运货，在用车辆无法取得“道路运输经营许可证”。二是片面强调自备车辆，不符合当前物流企业普遍依靠社会车辆的实际，也不利于从整体上整合社会车辆资源，许多物流企业因此无法取得自开票纳税人资格。三是集团型物流企业自开票纳税人资格在所属网点不能分享。像宝供这样在全国网络型经营的大型民营物流企业，在某些新开业的网点也无法取得自开票资格。
　　2．物流服务收入分别核算、税率不同的问题。把运输、仓储、搬运、包装、加工、配送等物流环节集成整合、一体化运作，是物流企业的基本模式和优势所在，由此带来物流效率的提高和社会资源的节约。但目前的税务设计，对运输和其他物流业务实行不同的税率和增值税抵扣政策。运输收入按“交通运输业”税目征收3%的营业税，并允许抵扣工商企业增值税进项；其余的物流业务应税收入按“服务业”税目征收5%的营业税，还不能纳入工商企业增值税进项抵扣范围。这样，不仅不利于物流企业的一体化运作，而且企业在实际操作中也会造成人为地调节运输收入和其他物流服务的收入比例。
　　3．按照车辆运力核定最高收入额的问题。目前，税务部门对取得运输发票的企业每辆车核定运输收入最高限额，超过限额的收入即认为不合理。这同当前物流企业市场细分、分段操作的运作模式不相适应。在实际操作中，往往是一家取货企业收取全程运费，或完成其中一段运输任务，再根据需要交给另外的企业中转、分拨、配送，才能保证车辆满载，降低运营成本。而目前的做法，非常不利于业务外包和资源整合，特别是加重了取货企业的税务负担和风险。
　　4．仓库租赁费的扣除问题。随着物流市场的细分化、服务的细分化，出现了“物流地产”的概念，专营物流业的“物业”公司快速发展，更多的物流企业采取了租赁仓库的做法。国税发[2005]208号文虽然规定：“试点企业将承揽的仓储业务分给其他单位并由其统一收取价款的，应以该企业取得的全部收入减去付给其他仓储合作方的仓储费后的余额为营业额计算征收营业税。”但对租用仓库的租金成本却不能在营业额中扣除，这块成本约占仓储收入的30%。如果不能扣除，实际上并未从根本上减轻试点企业的负担。
　　5．试点企业“所属企业”的界定问题。国税发[2005]208号文虽然提到试点企业的“所属企业”，但没有明确的界定，是“子公司”，还是“分公司”，在具体执行中不好把握。
　　6．缺乏适合物流企业运作特点的专用发票。我国缺乏与物流外包形式相对应的物流专用发票，外包业务发生的代垫费用无法在营业税中抵扣，造成物流企业普遍性的不合理重复纳税现象。同时，为专门以开发票为生的“票务公司”有机可乘，不仅造成国家税款的流失，也给民营物流企业的合法经营带来很大风险。
　　7．物流企业所得税不能统一缴纳的问题。网络化经营是物流企业的基本特征，发展比较好的民营物流企业都建立了覆盖全国的经营网点，但这些网点经营状况不尽相同。按照目前税法的规定，盈利企业要缴纳所得税，而亏损企业只能由企业自身承担。就集团型企业来说，无疑增加了税务负担。尽管国家税总出台国税函[2006]270号文，规定“物流企业在同一省、自治区、直辖市范围内设立的跨区域机构（包括场所、网点），凡在总部统一领导下统一经营、统一核算，不设银行结算账户、不编制财务报表和账簿，并与总部微机联网、实行统一规范管理的企业，其企业所得税由总部统一缴纳，跨区域机构不就地缴纳企业所得税。”但与物流企业跨省区经营的实际情况，还有相当距离。部分大型国有物流企业已有专案解决。中外合资或外商独资企业更有《外国企业和外商投资企业所得税法》的规定，允许汇总缴纳。民营物流企业在这方面，显然没有得到同等的待遇。
　　8．内外资企业所得税方面的不平等问题。同其他行业一样，外资企业享受着比内资企业低的所得税税率。