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“陈独秀是一个领袖，自有他的信仰和风格，所以只须给予他机会，叫他堂堂正正地主张意见，向公众公开申诉，这正是尊重他爱护他的道理”。
1932年10月15日下午两点半，上海市公安局警探连同法租界捕房，闯入虹口区春阳里210号，逮捕了正在开会的五名中共“托派”高层，现场还查抄了106件文件和34种俄文共产主义书籍。春阳里210号主人、托派青年委员会秘书长谢少珊立即供出了陈独秀的秘密地址。
是晚，“中国共产党左派反对派”总书记陈独秀在岳州路永吉里11号被捕。被捕时，这位54岁的职业革命家“貌甚清癯，唇蓄微髭，发已微斑”（《申报》1932.10.18），穿着淡蓝色哔叽长衫，戴着淡黄色呢帽，正患着盲肠炎。
“托派”中央被一网打尽。
■ 危在旦夕
10月18日，陈独秀、彭述之等11人被引渡给国民党当局，关押在上海市公安局。这是陈独秀第五次被捕，在1921年和1922年他曾两次在上海被捕，原因皆为宣传共产主义，分别被罚款一百、四百元。但这次，他却要面临未可预知的判决。
10月19日，一干案犯被上海市公安局探警押往上海北站，乘坐11点的夜车前往南京。上海市公安局着实紧张，派临时保安大队在火车站特别戒备。犯人陈独秀反倒极为轻松，据说在火车上，他一夜酣眠，对自己可能被处死的命运，大有君子不忧不惧的气度（尉素秋：《我对陈独秀先生的印象》，《传记文学》1977.5）。
他会经由军事法庭审判，还是普通法庭审判？可以说，这是决定陈独秀生死的关键。和他同为中国共产党奠基者之一的李大钊，1927年4月6日被安国军政府逮捕，半个月后便由军事法庭会审，依据陆军刑事条例判处绞刑，并于当日下午行刑。
从10月15日被捕至26日，一直传闻说当局将组织一个特别法庭来审理陈独秀案。20日押送南京后，陈独秀和彭述之被关押于军部军法司监狱，无疑加深了这传闻的真实性。21日《大公报》记者为此特地采访狱方，狱方回应说属于“寄押”性质，军法司亦未开庭审讯。但军法司禁止陈彭二人读报通信，读书也只可以阅读三民主义和其它总理遗教。访客，包括新闻记者，则一概不准接见。
此时已是国共第一次合作破裂之后，双方激战方酣。国民政府正集中四十多万兵力对苏区进行第四次围剿，蒋介石亲自坐镇武汉行营。陈独秀恰好在这样一个敏感时刻被捕，形势可谓极其不利。
■ 人情营救与革命解决
与此紧急形势相对应的，则是营救陈独秀力量也迅速集结。陈独秀被捕后，他的老友蔡元培、杨杏佛、柳亚子、林语堂等八人，于10月23日致电南京中央党部和国民政府，大打感情牌，为陈独秀摆功：“此君早岁提倡革命，曾与张溥泉、章行严办国民日报于上海；光复后，复佐柏烈武治皖有功；而五四运动时期，鼓吹新文化，对于国民革命尤有间接之助……”他们还提出，陈独秀反对苏区暴动政策，因而遭到共产党除名，与欧美立宪国议会中的共产党议员无异，希望政府“矜怜耆旧，爱惜人才”，则“学术幸甚，文化幸甚”。（《申报》1932.10.24）
宋庆龄也特地为陈案从上海抵南京，然后转飞武汉。甚至国民党中统局主办的《社会新闻》在署名“仿鲁”的文章里，也认为陈独秀虽然是共产党，却反对共产党现行的暴动政策，而且他还是一个学者，所以只要他继续反共，“似可不至于死”。
虽然有精英们的百般求情，但在国民党内部，其党政人员基于1927年之后国共双方尖锐的意识形态对立以及武装对抗现实，更多的声音则是主张对待陈独秀应该从快从重，以反革命镇压之。
国民党广州市特别执委会宣传部控制下的《广州民国日报》刊发社论，认为20世纪30年代中国所经历的危难，原因在于日本的侵略和中国共产党所挑起的内乱；而日本的侵略之所以能得逞，原因则在于国民政府忙于剿共：“溯吾国共匪之由来，不能不忆及十年前李守常、陈独秀等之提倡”，因此，“应处以极刑，勿能宽纵”，否则，就是一面剿共而一面纵共。（陈东晓：《陈独秀评论》，上海书店）
杨镜芙也在《十月评论》上撰文《论陈独秀的所谓“功”和“罪”》，说陈独秀“是一个危害民国的大罪犯”，“自民国四年以来，一直到现在，所作的都是始终如一的共产党的工作。这种巨魁，一旦被捕，是只有处以极刑，绝对没有轻办和赦免的余地”。杨镜芙还呼吁，“希望政府严厉到底，拿出对邓演达的手段来对付陈独秀”。
不少地方党政人员则打电报给国民党中央，要求“严惩”“处以极刑”“迅予处决”。中国第二历史档案馆里，仍还存放着这些电报，发电人包括新疆省政府主席金树仁，湖南清乡司令何健，湖南衡山县、罗田县、江西上高县等党部，以及陆军的几个师团党部。
■ 舆论争议
此时的陈独秀虽非共产党的领袖，却也堪称一面大旗。上一年5月1日，中国托派组织联合在上海开会，陈独秀被推举为“中国共产党左派反对派”总书记，全面领导五人“常委会”。1932年1月，他发表《告全党同志书》，呼吁所有的共产主义者联合起来，集中力量于城市职工运动，推动工人群众参加反日反国民党的斗争。
以上种种行为，无论是按照军法处置，还是按照1928年施行的《中华民国暂行反革命治罪法》治罪，则陈独秀必死无疑。
10月18日，上海《申报》刊登了内容十分详尽的陈独秀被捕细节的报道，称该案为“自清共以来第一起巨案也”。
与社会贤达苦苦求情和党政人员严厉镇压的态度不同，中立报纸则多倾向于用司法途径来解决陈独秀案。
10月19日，《晨报》发表社论。社论作者先厘清共产党的两个派别“中央派（干部派）”和托洛茨基派，陈独秀已非事实上的共产党首领；作者接着提出，主持共产党学说，组织共产党与实行危害国家，是三件事，不可混而为一；共产学说以反抗社会为目的，之所以发生，则由于人心之不平，人心不平，说明国家本身早有病根。所以，社论作者引用英国政治学者拉斯基的话说，“依往事观之，政府兴文字之狱，而能阻遏人民之指责者，盖无几焉。其准人民之自由言论也，弊政既除，自少可以攻击之机会，反是而加以禁阻也，愈令人民迫而为秘密行动。可知政治革命或社会革命之由来，其责任在政府，而不在倡异说之个人”。
社论作者最后说，政府有根据法令维持其生存的权利，“故禁止实行危害国家之结社，乃事之当然者也。然此有无危害国家之行为之问题，应由谁决定？曰此非政府自身之事，而应由法庭判决”，故而陈独秀案应该在司法保障下，公正审判。
10月20日，《益世报》也发表社论，从法律角度指出，陈独秀在上海被捕，上海既非戒严区域，亦非剿共区域，故而陈案应由普通法庭审判，绝无组织特别法庭的必要。
10月28日《大公报》发表的短评“营救陈独秀”，则在法律逻辑之外又增加了一份对人性尊严的呵护。“陈独秀是一个领袖，自有他的信仰和风格，所以只须给予他机会，叫他堂堂正正地主张意见，向公众公开申诉，这正是尊重他爱护他的道理。”作者因此反对“如果用哀恳式的乞怜，感情式的缓颊，在法律以外去营救他，倒反转辱没了这位有骨头有意识的老革命家”。作为领袖，就要“有真诚信念，不变节，不改话，言行始终一致”。
傅斯年两日后在《独立评论》上发表文章，也表达出类似的意愿，他主张陈案能够（一）最合法；（二）最近情；（三）看得到中国二十年来革命历史的意义；（四）及国民党自身的革命立场。他希望国民政府公开审判陈独秀，即便有罪，也不妨依据法律进行特赦运动。
不仅仅如此，南京政府外交部长兼行政司法部长罗文干和胡适、翁文灏等社会知名人士也致电蒋介石，请求摒弃政治干扰，将陈案看做是一起普通的司法案件，“陈独秀案付司法审判”，不由军法从事。
■ 从革命到司法
10月22日，国民党中央组织委员会派专员去武汉，向蒋介石汇报逮捕陈独秀的经过，呈送同时搜查到的重要文件。
面对国民党内部要求从快处理的声音和社会贤达主张司法审判的呼吁，蒋介石考虑再三，于10月24日致电国民党中央委员会，“陈等所犯之罪，系危害民国之生存，国家法律对于此种罪行，早在法律上有明白的规定，为维持司法独立尊严计，应交法院公开审判”。当日，国民党中央委员会举行座谈会，讨论蒋介石来电，决议陈案“交法院公开审判”。
蒋介石将政治案犯交由普通法庭审理的做法看似出人意料，实际自有其发展脉络。国民党在1928年占领北京之后，按照孙中山在《建国大纲》里描绘的蓝图，国民政府宣告革命的“军政”阶段已经完成，进入“训政”时期。革命党，即国民党，代表民众行使国家主权，同时要在各地训练民众自治。从以颠覆旧制度为目标、奉行斗争哲学的革命党，转而为执政党，便不能仅停留在观念层面，而是要用合法、和平的方式，去化解社会矛盾和斗争，来巩固政权和建设经济。
于是，拥有最高权力的蒋介石，希望党务、政治、军事、财政、外交、司法诸端都能逐步规范化。1929年岁末，蒋介石藉《大公报》通电全国各报馆，希望各报馆能于1930年1月1日起，就党务、政治、军事、财政、外交、司法诸端尽情批评，以收集思广益之效。
不仅仅如此，以前为适应“革命”时期的特殊法条也随之进行了修改。1931年1月31日，《危害民国紧急治罪法》颁布实行。施行之日，1928年3月9日公布施行的《中华民国暂行反革命治罪法》同时废止。原来具有浓厚“革命色彩”的法律被终止。而陈独秀案此后的审判，也正是按照新法，以“危害民国罪”起诉，而非“反革命罪”。
此后，国民政府在1931年6月1日公布《中华民国训政时期约法》，在“人民之权利义务”部分增加了第八条、第九条，更与陈案直接相关。第九条规定:“人民除现役军人外，非依法律不受军事审判。”此条规定是陈独秀案最终交由普通法庭审判的直接的法律依据。第八条的内容为：“人民非依法律，不得逮捕、拘禁、审问、处罚。”有学者便认为，陈独秀和李大钊被捕后在狱中待遇完全不同，“与《中华民国训政时期约法》的颁布所反映并推动的司法进步相联系”（黄伟英：《从李大钊案到陈独秀案：民国时期司法现代化的发展》）。
10月25日，何应钦（时任军政部长）传讯陈独秀。陈独秀正式澄清，自己与湘赣、鄂豫皖的共产党暴动毫无关系，还向何建议应该联合苏联抗日。何应钦则正式表示，“陈等虽属危害民国罪犯，但以其非现役军人，且犯案地点，又核与民国紧急治罪法第七条前段规定不合”，所以军法司无权管辖，于是命令司长王振南，“备文将陈等转解江苏高等法院，公开审判（《申报》1932.10.27）。
于是，陈独秀案成为民国时期第一例由普通法庭审理的国内公民涉共案件。
■ 传讯
10月26日早晨，陈独秀、彭述之转到江苏高等法院江宁地方法院看管。江苏检察官朱儁奉命到南京侦查这个棘手的案子。陈独秀本人也表达了对法律的尊重，受江苏高等法院传讯时，他表示，“愿尊重国家法律，望政府秉承大公，不参加个人恩怨，法律判我是罪有应得者，当亦愿受。”（《大公报》1932.11.1）。11月3日，陈独秀、彭述之正式聘请章士钊、吴之屏等五人为辩护律师（他被捕之初，章士钊、郑毓秀等就曾表示愿意义务为他辩护）。
陈独秀在狱中受到的待遇尚好。10月26日，他和彭述之因疾病缠身，书面向监方提出改善生活待遇的要求。“窃独秀等自到贵所以来，诸承优待，惟对于伙食一项，以身份关系，本应自备，奈独秀等旅费拮据，复无亲朋告贷”，往昔叱咤风云的革命家，如今不减孤傲，坚称无罪，不需吃牢饭，然而“现均添疾病，经医诊治尚未痊愈；普通囚粮菜蔬虽可饱腹，实非独秀等平日习惯与病体所相宜”（张裔平：《档案解读：陈独秀在狱中》，《档案春秋》2010.7）。陈独秀和彭述之患病期间，监方延请看守所外的医生为他们治病。江苏高等法院亦批准，从11月1日起，由公家发给每日每人上饭两餐，稀饭一餐，支洋三角。他被捕时，身无余物，国民党中央党部特地拨了一百元，为他购置衣被（任卓宣：《陈独秀先生的生平与我的评论》）。
经过几个月的调查之后，1933年3月，检察官朱儁按照公诉程序，提起公诉。陈独秀的起诉书大致内容，一是他的个人经历中“涉嫌危害民国”犯案要点；一是“以文字为叛国宣传”的具体证据。检方指控陈独秀“显欲破坏中国经济组织，政治组织”，“目三民主义为反动主义，并主张第三次革命，坚决扫荡国民党政府，以革命民众政权代替国民党政权，其意在危害民国，已昭然若揭”；结论是“察核被告所为，仅只共产主义宣传，尚未达于暴动程序。然以危害民国为目的，集合组织团体，并以文字为叛国宣传，则证凭确实，自应令其负责。”
■ 审判
1933年4月14日上午，陈案第一次公开审理。
那天，南京城大雨瓢泼，民众对此案的关注却未见稍减。各地百余记者云集法庭听审。9时35分开庭，检察官先问各人年龄、籍贯、住址等，以及拘捕经过，宣布根据《危害民国紧急治罪法》第六条及第二条第二款提起公诉。据媒体报道，陈独秀蓝布长衫，两鬓已斑，须长寸许，面色红润，审问时态度安闲，顾盼自如。不时，他还以敏捷的回答引发满堂哄笑。譬如，法官胡善偁问他，被捕的十人中认识哪几个？陈独秀的回答嘲讽有加：“党内情形，我不能报告，我只能说政治意见。谁是共产党，这是政府侦探的责任，我不能做政府侦探。”
胡善偁一时语塞。最后问陈：何以要打倒国民政府？陈回答：这是事实，不否认。理由是现在国民党政治是刺刀政治，人民既无发言权，不合民主政治原则；中国人穷到极点，军阀官僚只知集中金钱，存放于帝国主义银行，人民则困苦到无饭吃；全国人民主张抗日，政府则步步退让。
次日第二次庭审，陈独秀不是主角，最后传讯阶段，法官又问陈独秀，托派的最后目的为何，是否为推翻国民党；实施无产阶级专政？陈答道：是。
4月20日第三次开庭。因为有公开辩论，不少人从上海、无锡、镇江赶来旁听。二百多人挤满了旁听席、记者席。就连法庭门外都站满了旁听者。
当检察官控告完毕，陈独秀当庭抗辩，这时已经接近下午两点钟。他集中火力在检察官所言的“危害民国”上：我只承认反对国民党和国民政府，却不承认危害民国！因为政府并非国家，反对政府，并非危害国家。在书面自辩状里，他以国民党自身的历史，对此点阐述得更加清晰：“若认为政府与国家无分，掌握政权者即国家，则法王路易十四‘朕即国家’之说，即不必为近代国法学者所摈弃矣。若认为在野党反抗不忠于国家或侵害民权之政府党，而主张推翻其政权，即属‘叛国’，则古今中外的革命政党，无不曾经‘叛国’，即国民党亦曾‘叛国’矣。”
陈独秀抗辩后，辩护律师章士钊起立辩护。53分钟滔滔雄辩，他亦是紧扣检方要点，驳斥检方的起诉书“无中无西，无通无列，一切无据”。首先，他引用孙中山之言，“民生主义就是共产主义”，驳斥检方陈独秀反对三民主义的论点；其次，陈独秀民国七年（1918年）曾任广东教育厅长，后又与国民党合作；再则托派反斯大林反共产党干部派，“如斯辗转，相辅为用，谓托洛斯基派与国民党取犄角之势以清共也，要无不可……”最后一条，可说是章作为律师为当事人做出的有利辩护，孰料陈独秀当庭申明，说章律师之辩护，并未征求本人同意，且也无须征求本人同意，至于本人政治主张，不能以章律师之辩护为根据，应以本人之文件为根据。
下午3:30继续开庭，辩论一直持续到6:35。
4月26日，江苏高等法院判决陈独秀、彭述之：“以文字为叛国之宣传，处有期徒刑十三年，褫夺公权十五年。”陈独秀起立大声抗议：“我是叛国民党，不是叛国！”
陈独秀随即自拟“上诉状”，与章士钊等斟酌字句后，递交最高法院。“上诉状”针对判决书中“叛国之宣传”“图谋变更国体”“根本推翻民国”等判词条文，逐条加以反驳，同时，继续指斥国民党才是叛国者：“独是国民党革命正为颠覆帝制，标榜建立民国而起，帝制仆而仍继前轨，弃‘天下为公’之说，以民国为一党一人之私产，目反之者为‘叛国’，岂其以万世一系之天赋特权自居乎？此于建设民国之约言，岂不显然背叛乎？”
据同案的濮清泉回忆，陈独秀曾告诉他，当时高等法院派法官，颇费周折，“谁也不愿审理这种倒楣案子，一点油水没有，还要上下受气，挨人咒骂”（濮清泉：《我所知道的陈独秀》）。果然，宣判第二天，《大公报》便发表社论，批评“偌大案情，仅仅公开辩论三次，审判长讯问亦极简短”，而且检察官素养也太低；希望上诉审讯中，应该作更为严密深刻的审讯，法官也应选择洞明世界政治经济潮流之人担任，“然后发问诘难，乃可中其核要”。
一年后，最高法院刑庭最终判决陈独秀有期徒刑八年。陈独秀没有被宣判无罪，但获得减刑。在南京老虎桥监狱，他面壁读书、潜心学问，1937年日军轰炸南京，关押陈独秀的那幢房顶震坍，他躲在桌子下逃过一劫。老友胡适焦虑万分，致信汪精卫求援。汪向蒋介石提出，由国民政府核准，经由司法部训令法院按正常司法程序，一天之内，以战争特例宣布陈独秀减刑释放。
8月23日，陈独秀走出了高墙。
在生命的最后几年，陈独秀退居四川江津。“湖上诗人旧酒徒，十年匹马走燕吴；于今老病干戈日，恨不逢君尽一壶”，他在孤寂中逝于1942年5月27日。
章士钊为陈独秀辩护词（摘选）
本律师曩在英伦，曾问道于当代法学家戴塞，据谓国家与政府并非一物。国家者，土地、人民、主权之总称也；政府者政党执行政令之组合也。定义既殊，权责有分。是故危害国家土地、主权、人民者叛国罪也；而反对政府者，政见有异也，若视为叛国则大谬矣。今诚执途人而问之，反对政府是否有罪，其人必曰若非疯狂即为白痴，以其违反民主之原则也。英伦为君主立宪之国家，国王尚允许有王之反对党，我国为民主共和国，奈何不能容忍任何政党存在耶？本律师薄识寡闻，实不惑不解也。本法庭总理遗像高悬，国人奉为国父，所著三民主义，党人奉为宝典。总理有云：‘三民主义即是社会主义，亦即共产主义。’为何总理宣传共产，奉为国父，而独秀宣传共产主义即为危害民国乎？若宣传共产有罪，本律师不得不曰龙头大有人在也。现政府正致力于讨共，而独秀已与中共分扬，予意已成犄角之势，乃欢迎之不暇，焉用治罪乎？今侦骑四出，罗网大张，必欲使有志之士瘐死狱中，何苦来哉？为保存读书种子，予意不惟不应治罪，且宜使深入学术研究，国家民族实利赖焉。总上理由，本律师要求法院宣判独秀无罪。（刘永峰整理）
1932年10月15日下午两点半，上海市公安局警探连同法租界捕房，闯入虹口区春阳里210号，逮捕了正在开会的五名中共“托派”高层，现场还查抄了106件文件和34种俄文共产主义书籍。春阳里210号主人、托派青年委员会秘书长谢少珊立即供出了陈独秀的秘密地址。
是晚，“中国共产党左派反对派”总书记陈独秀在岳州路永吉里11号被捕。被捕时，这位54岁的职业革命家“貌甚清癯，唇蓄微髭，发已微斑”（《申报》1932.10.18），穿着淡蓝色哔叽长衫，戴着淡黄色呢帽，正患着盲肠炎。
“托派”中央被一网打尽。
■ 危在旦夕
10月18日，陈独秀、彭述之等11人被引渡给国民党当局，关押在上海市公安局。这是陈独秀第五次被捕，在1921年和1922年他曾两次在上海被捕，原因皆为宣传共产主义，分别被罚款一百、四百元。但这次，他却要面临未可预知的判决。
10月19日，一干案犯被上海市公安局探警押往上海北站，乘坐11点的夜车前往南京。上海市公安局着实紧张，派临时保安大队在火车站特别戒备。犯人陈独秀反倒极为轻松，据说在火车上，他一夜酣眠，对自己可能被处死的命运，大有君子不忧不惧的气度（尉素秋：《我对陈独秀先生的印象》，《传记文学》1977.5）。
他会经由军事法庭审判，还是普通法庭审判？可以说，这是决定陈独秀生死的关键。和他同为中国共产党奠基者之一的李大钊，1927年4月6日被安国军政府逮捕，半个月后便由军事法庭会审，依据陆军刑事条例判处绞刑，并于当日下午行刑。
从10月15日被捕至26日，一直传闻说当局将组织一个特别法庭来审理陈独秀案。20日押送南京后，陈独秀和彭述之被关押于军部军法司监狱，无疑加深了这传闻的真实性。21日《大公报》记者为此特地采访狱方，狱方回应说属于“寄押”性质，军法司亦未开庭审讯。但军法司禁止陈彭二人读报通信，读书也只可以阅读三民主义和其它总理遗教。访客，包括新闻记者，则一概不准接见。
此时已是国共第一次合作破裂之后，双方激战方酣。国民政府正集中四十多万兵力对苏区进行第四次围剿，蒋介石亲自坐镇武汉行营。陈独秀恰好在这样一个敏感时刻被捕，形势可谓极其不利。
■ 人情营救与革命解决
与此紧急形势相对应的，则是营救陈独秀力量也迅速集结。陈独秀被捕后，他的老友蔡元培、杨杏佛、柳亚子、林语堂等八人，于10月23日致电南京中央党部和国民政府，大打感情牌，为陈独秀摆功：“此君早岁提倡革命，曾与张溥泉、章行严办国民日报于上海；光复后，复佐柏烈武治皖有功；而五四运动时期，鼓吹新文化，对于国民革命尤有间接之助……”他们还提出，陈独秀反对苏区暴动政策，因而遭到共产党除名，与欧美立宪国议会中的共产党议员无异，希望政府“矜怜耆旧，爱惜人才”，则“学术幸甚，文化幸甚”。（《申报》1932.10.24）
宋庆龄也特地为陈案从上海抵南京，然后转飞武汉。甚至国民党中统局主办的《社会新闻》在署名“仿鲁”的文章里，也认为陈独秀虽然是共产党，却反对共产党现行的暴动政策，而且他还是一个学者，所以只要他继续反共，“似可不至于死”。
虽然有精英们的百般求情，但在国民党内部，其党政人员基于1927年之后国共双方尖锐的意识形态对立以及武装对抗现实，更多的声音则是主张对待陈独秀应该从快从重，以反革命镇压之。
国民党广州市特别执委会宣传部控制下的《广州民国日报》刊发社论，认为20世纪30年代中国所经历的危难，原因在于日本的侵略和中国共产党所挑起的内乱；而日本的侵略之所以能得逞，原因则在于国民政府忙于剿共：“溯吾国共匪之由来，不能不忆及十年前李守常、陈独秀等之提倡”，因此，“应处以极刑，勿能宽纵”，否则，就是一面剿共而一面纵共。（陈东晓：《陈独秀评论》，上海书店）
杨镜芙也在《十月评论》上撰文《论陈独秀的所谓“功”和“罪”》，说陈独秀“是一个危害民国的大罪犯”，“自民国四年以来，一直到现在，所作的都是始终如一的共产党的工作。这种巨魁，一旦被捕，是只有处以极刑，绝对没有轻办和赦免的余地”。杨镜芙还呼吁，“希望政府严厉到底，拿出对邓演达的手段来对付陈独秀”。
不少地方党政人员则打电报给国民党中央，要求“严惩”“处以极刑”“迅予处决”。中国第二历史档案馆里，仍还存放着这些电报，发电人包括新疆省政府主席金树仁，湖南清乡司令何健，湖南衡山县、罗田县、江西上高县等党部，以及陆军的几个师团党部。
■ 舆论争议
此时的陈独秀虽非共产党的领袖，却也堪称一面大旗。上一年5月1日，中国托派组织联合在上海开会，陈独秀被推举为“中国共产党左派反对派”总书记，全面领导五人“常委会”。1932年1月，他发表《告全党同志书》，呼吁所有的共产主义者联合起来，集中力量于城市职工运动，推动工人群众参加反日反国民党的斗争。
以上种种行为，无论是按照军法处置，还是按照1928年施行的《中华民国暂行反革命治罪法》治罪，则陈独秀必死无疑。
10月18日，上海《申报》刊登了内容十分详尽的陈独秀被捕细节的报道，称该案为“自清共以来第一起巨案也”。
与社会贤达苦苦求情和党政人员严厉镇压的态度不同，中立报纸则多倾向于用司法途径来解决陈独秀案。
10月19日，《晨报》发表社论。社论作者先厘清共产党的两个派别“中央派（干部派）”和托洛茨基派，陈独秀已非事实上的共产党首领；作者接着提出，主持共产党学说，组织共产党与实行危害国家，是三件事，不可混而为一；共产学说以反抗社会为目的，之所以发生，则由于人心之不平，人心不平，说明国家本身早有病根。所以，社论作者引用英国政治学者拉斯基的话说，“依往事观之，政府兴文字之狱，而能阻遏人民之指责者，盖无几焉。其准人民之自由言论也，弊政既除，自少可以攻击之机会，反是而加以禁阻也，愈令人民迫而为秘密行动。可知政治革命或社会革命之由来，其责任在政府，而不在倡异说之个人”。
社论作者最后说，政府有根据法令维持其生存的权利，“故禁止实行危害国家之结社，乃事之当然者也。然此有无危害国家之行为之问题，应由谁决定？曰此非政府自身之事，而应由法庭判决”，故而陈独秀案应该在司法保障下，公正审判。
10月20日，《益世报》也发表社论，从法律角度指出，陈独秀在上海被捕，上海既非戒严区域，亦非剿共区域，故而陈案应由普通法庭审判，绝无组织特别法庭的必要。
10月28日《大公报》发表的短评“营救陈独秀”，则在法律逻辑之外又增加了一份对人性尊严的呵护。“陈独秀是一个领袖，自有他的信仰和风格，所以只须给予他机会，叫他堂堂正正地主张意见，向公众公开申诉，这正是尊重他爱护他的道理。”作者因此反对“如果用哀恳式的乞怜，感情式的缓颊，在法律以外去营救他，倒反转辱没了这位有骨头有意识的老革命家”。作为领袖，就要“有真诚信念，不变节，不改话，言行始终一致”。
傅斯年两日后在《独立评论》上发表文章，也表达出类似的意愿，他主张陈案能够（一）最合法；（二）最近情；（三）看得到中国二十年来革命历史的意义；（四）及国民党自身的革命立场。他希望国民政府公开审判陈独秀，即便有罪，也不妨依据法律进行特赦运动。
不仅仅如此，南京政府外交部长兼行政司法部长罗文干和胡适、翁文灏等社会知名人士也致电蒋介石，请求摒弃政治干扰，将陈案看做是一起普通的司法案件，“陈独秀案付司法审判”，不由军法从事。
■ 从革命到司法
10月22日，国民党中央组织委员会派专员去武汉，向蒋介石汇报逮捕陈独秀的经过，呈送同时搜查到的重要文件。
面对国民党内部要求从快处理的声音和社会贤达主张司法审判的呼吁，蒋介石考虑再三，于10月24日致电国民党中央委员会，“陈等所犯之罪，系危害民国之生存，国家法律对于此种罪行，早在法律上有明白的规定，为维持司法独立尊严计，应交法院公开审判”。当日，国民党中央委员会举行座谈会，讨论蒋介石来电，决议陈案“交法院公开审判”。
蒋介石将政治案犯交由普通法庭审理的做法看似出人意料，实际自有其发展脉络。国民党在1928年占领北京之后，按照孙中山在《建国大纲》里描绘的蓝图，国民政府宣告革命的“军政”阶段已经完成，进入“训政”时期。革命党，即国民党，代表民众行使国家主权，同时要在各地训练民众自治。从以颠覆旧制度为目标、奉行斗争哲学的革命党，转而为执政党，便不能仅停留在观念层面，而是要用合法、和平的方式，去化解社会矛盾和斗争，来巩固政权和建设经济。
于是，拥有最高权力的蒋介石，希望党务、政治、军事、财政、外交、司法诸端都能逐步规范化。1929年岁末，蒋介石藉《大公报》通电全国各报馆，希望各报馆能于1930年1月1日起，就党务、政治、军事、财政、外交、司法诸端尽情批评，以收集思广益之效。
不仅仅如此，以前为适应“革命”时期的特殊法条也随之进行了修改。1931年1月31日，《危害民国紧急治罪法》颁布实行。施行之日，1928年3月9日公布施行的《中华民国暂行反革命治罪法》同时废止。原来具有浓厚“革命色彩”的法律被终止。而陈独秀案此后的审判，也正是按照新法，以“危害民国罪”起诉，而非“反革命罪”。
此后，国民政府在1931年6月1日公布《中华民国训政时期约法》，在“人民之权利义务”部分增加了第八条、第九条，更与陈案直接相关。第九条规定:“人民除现役军人外，非依法律不受军事审判。”此条规定是陈独秀案最终交由普通法庭审判的直接的法律依据。第八条的内容为：“人民非依法律，不得逮捕、拘禁、审问、处罚。”有学者便认为，陈独秀和李大钊被捕后在狱中待遇完全不同，“与《中华民国训政时期约法》的颁布所反映并推动的司法进步相联系”（黄伟英：《从李大钊案到陈独秀案：民国时期司法现代化的发展》）。
10月25日，何应钦（时任军政部长）传讯陈独秀。陈独秀正式澄清，自己与湘赣、鄂豫皖的共产党暴动毫无关系，还向何建议应该联合苏联抗日。何应钦则正式表示，“陈等虽属危害民国罪犯，但以其非现役军人，且犯案地点，又核与民国紧急治罪法第七条前段规定不合”，所以军法司无权管辖，于是命令司长王振南，“备文将陈等转解江苏高等法院，公开审判（《申报》1932.10.27）。
于是，陈独秀案成为民国时期第一例由普通法庭审理的国内公民涉共案件。
■ 传讯
10月26日早晨，陈独秀、彭述之转到江苏高等法院江宁地方法院看管。江苏检察官朱儁奉命到南京侦查这个棘手的案子。陈独秀本人也表达了对法律的尊重，受江苏高等法院传讯时，他表示，“愿尊重国家法律，望政府秉承大公，不参加个人恩怨，法律判我是罪有应得者，当亦愿受。”（《大公报》1932.11.1）。11月3日，陈独秀、彭述之正式聘请章士钊、吴之屏等五人为辩护律师（他被捕之初，章士钊、郑毓秀等就曾表示愿意义务为他辩护）。
陈独秀在狱中受到的待遇尚好。10月26日，他和彭述之因疾病缠身，书面向监方提出改善生活待遇的要求。“窃独秀等自到贵所以来，诸承优待，惟对于伙食一项，以身份关系，本应自备，奈独秀等旅费拮据，复无亲朋告贷”，往昔叱咤风云的革命家，如今不减孤傲，坚称无罪，不需吃牢饭，然而“现均添疾病，经医诊治尚未痊愈；普通囚粮菜蔬虽可饱腹，实非独秀等平日习惯与病体所相宜”（张裔平：《档案解读：陈独秀在狱中》，《档案春秋》2010.7）。陈独秀和彭述之患病期间，监方延请看守所外的医生为他们治病。江苏高等法院亦批准，从11月1日起，由公家发给每日每人上饭两餐，稀饭一餐，支洋三角。他被捕时，身无余物，国民党中央党部特地拨了一百元，为他购置衣被（任卓宣：《陈独秀先生的生平与我的评论》）。
经过几个月的调查之后，1933年3月，检察官朱儁按照公诉程序，提起公诉。陈独秀的起诉书大致内容，一是他的个人经历中“涉嫌危害民国”犯案要点；一是“以文字为叛国宣传”的具体证据。检方指控陈独秀“显欲破坏中国经济组织，政治组织”，“目三民主义为反动主义，并主张第三次革命，坚决扫荡国民党政府，以革命民众政权代替国民党政权，其意在危害民国，已昭然若揭”；结论是“察核被告所为，仅只共产主义宣传，尚未达于暴动程序。然以危害民国为目的，集合组织团体，并以文字为叛国宣传，则证凭确实，自应令其负责。”
■ 审判
1933年4月14日上午，陈案第一次公开审理。
那天，南京城大雨瓢泼，民众对此案的关注却未见稍减。各地百余记者云集法庭听审。9时35分开庭，检察官先问各人年龄、籍贯、住址等，以及拘捕经过，宣布根据《危害民国紧急治罪法》第六条及第二条第二款提起公诉。据媒体报道，陈独秀蓝布长衫，两鬓已斑，须长寸许，面色红润，审问时态度安闲，顾盼自如。不时，他还以敏捷的回答引发满堂哄笑。譬如，法官胡善偁问他，被捕的十人中认识哪几个？陈独秀的回答嘲讽有加：“党内情形，我不能报告，我只能说政治意见。谁是共产党，这是政府侦探的责任，我不能做政府侦探。”
胡善偁一时语塞。最后问陈：何以要打倒国民政府？陈回答：这是事实，不否认。理由是现在国民党政治是刺刀政治，人民既无发言权，不合民主政治原则；中国人穷到极点，军阀官僚只知集中金钱，存放于帝国主义银行，人民则困苦到无饭吃；全国人民主张抗日，政府则步步退让。
次日第二次庭审，陈独秀不是主角，最后传讯阶段，法官又问陈独秀，托派的最后目的为何，是否为推翻国民党；实施无产阶级专政？陈答道：是。
4月20日第三次开庭。因为有公开辩论，不少人从上海、无锡、镇江赶来旁听。二百多人挤满了旁听席、记者席。就连法庭门外都站满了旁听者。
当检察官控告完毕，陈独秀当庭抗辩，这时已经接近下午两点钟。他集中火力在检察官所言的“危害民国”上：我只承认反对国民党和国民政府，却不承认危害民国！因为政府并非国家，反对政府，并非危害国家。在书面自辩状里，他以国民党自身的历史，对此点阐述得更加清晰：“若认为政府与国家无分，掌握政权者即国家，则法王路易十四‘朕即国家’之说，即不必为近代国法学者所摈弃矣。若认为在野党反抗不忠于国家或侵害民权之政府党，而主张推翻其政权，即属‘叛国’，则古今中外的革命政党，无不曾经‘叛国’，即国民党亦曾‘叛国’矣。”
陈独秀抗辩后，辩护律师章士钊起立辩护。53分钟滔滔雄辩，他亦是紧扣检方要点，驳斥检方的起诉书“无中无西，无通无列，一切无据”。首先，他引用孙中山之言，“民生主义就是共产主义”，驳斥检方陈独秀反对三民主义的论点；其次，陈独秀民国七年（1918年）曾任广东教育厅长，后又与国民党合作；再则托派反斯大林反共产党干部派，“如斯辗转，相辅为用，谓托洛斯基派与国民党取犄角之势以清共也，要无不可……”最后一条，可说是章作为律师为当事人做出的有利辩护，孰料陈独秀当庭申明，说章律师之辩护，并未征求本人同意，且也无须征求本人同意，至于本人政治主张，不能以章律师之辩护为根据，应以本人之文件为根据。
下午3:30继续开庭，辩论一直持续到6:35。
4月26日，江苏高等法院判决陈独秀、彭述之：“以文字为叛国之宣传，处有期徒刑十三年，褫夺公权十五年。”陈独秀起立大声抗议：“我是叛国民党，不是叛国！”
陈独秀随即自拟“上诉状”，与章士钊等斟酌字句后，递交最高法院。“上诉状”针对判决书中“叛国之宣传”“图谋变更国体”“根本推翻民国”等判词条文，逐条加以反驳，同时，继续指斥国民党才是叛国者：“独是国民党革命正为颠覆帝制，标榜建立民国而起，帝制仆而仍继前轨，弃‘天下为公’之说，以民国为一党一人之私产，目反之者为‘叛国’，岂其以万世一系之天赋特权自居乎？此于建设民国之约言，岂不显然背叛乎？”
据同案的濮清泉回忆，陈独秀曾告诉他，当时高等法院派法官，颇费周折，“谁也不愿审理这种倒楣案子，一点油水没有，还要上下受气，挨人咒骂”（濮清泉：《我所知道的陈独秀》）。果然，宣判第二天，《大公报》便发表社论，批评“偌大案情，仅仅公开辩论三次，审判长讯问亦极简短”，而且检察官素养也太低；希望上诉审讯中，应该作更为严密深刻的审讯，法官也应选择洞明世界政治经济潮流之人担任，“然后发问诘难，乃可中其核要”。
一年后，最高法院刑庭最终判决陈独秀有期徒刑八年。陈独秀没有被宣判无罪，但获得减刑。在南京老虎桥监狱，他面壁读书、潜心学问，1937年日军轰炸南京，关押陈独秀的那幢房顶震坍，他躲在桌子下逃过一劫。老友胡适焦虑万分，致信汪精卫求援。汪向蒋介石提出，由国民政府核准，经由司法部训令法院按正常司法程序，一天之内，以战争特例宣布陈独秀减刑释放。
8月23日，陈独秀走出了高墙。
在生命的最后几年，陈独秀退居四川江津。“湖上诗人旧酒徒，十年匹马走燕吴；于今老病干戈日，恨不逢君尽一壶”，他在孤寂中逝于1942年5月27日。
章士钊为陈独秀辩护词（摘选）
本律师曩在英伦，曾问道于当代法学家戴塞，据谓国家与政府并非一物。国家者，土地、人民、主权之总称也；政府者政党执行政令之组合也。定义既殊，权责有分。是故危害国家土地、主权、人民者叛国罪也；而反对政府者，政见有异也，若视为叛国则大谬矣。今诚执途人而问之，反对政府是否有罪，其人必曰若非疯狂即为白痴，以其违反民主之原则也。英伦为君主立宪之国家，国王尚允许有王之反对党，我国为民主共和国，奈何不能容忍任何政党存在耶？本律师薄识寡闻，实不惑不解也。本法庭总理遗像高悬，国人奉为国父，所著三民主义，党人奉为宝典。总理有云：‘三民主义即是社会主义，亦即共产主义。’为何总理宣传共产，奉为国父，而独秀宣传共产主义即为危害民国乎？若宣传共产有罪，本律师不得不曰龙头大有人在也。现政府正致力于讨共，而独秀已与中共分扬，予意已成犄角之势，乃欢迎之不暇，焉用治罪乎？今侦骑四出，罗网大张，必欲使有志之士瘐死狱中，何苦来哉？为保存读书种子，予意不惟不应治罪，且宜使深入学术研究，国家民族实利赖焉。总上理由，本律师要求法院宣判独秀无罪。（刘永峰整理）