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综合理科课程在我国开展已有20余年的历史，整合的理念也已深入人心，但是对于整合的程度以及如何确定综合理科课程的组织结构，人们还是有颇多异议。本文从科学系统观的角度出发，描绘了一幅清晰、生动的科学系统图。分析了综合理科课程实现的客观条件是必须在基础自然科学的基础上依赖于技术科学、应用科学；并借助科学认识系统分析了在确定综合理科课程组织结构时应按照方法交叉、对象交叉和理论交叉3个方面来设计逻辑主线，最后以“自然界统一的平衡规律”为例，说明了如何根据理论交叉来设计综合理科课程的内容结构。