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目前，7株鹦鹉热嗜衣原体全基因组已测序完整，揭示了不同株之间的相同性与差异性。主要外膜蛋白基因、多形态膜蛋白多基因家族、Ⅲ型分泌系统基因和包涵体膜蛋白基因是鹦鹉热嗜衣原体（Chlamydophila psittaci，Cps）研究的重点。对多个种株Cps基因组完整核苷酸序列测定的研究，将有助于进一步了解Cps的致病机制，寻找更好的诊断方法和防治措施，预防和控制Cps的流行。