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胃肠间质瘤（GIST）是胃肠道最常见的间叶源性肿瘤，分子靶向药物的成功应用推动了GIST的临床诊疗进入了精准医学时代。GIST的诊断（包括术前诊断和病理诊断）、外科治疗（包括外科手术、微创治疗、复发转移性GIST的外科手术）和药物治疗（包括极高危GIST辅助治疗时限、术前治疗的干预时机）环环相扣，各个环节都存在一定的陷阱和误区，一旦误入，除了给医者带来困境，更可致医疗资源浪费，甚至危及患者的健康乃至生命。每位从事GIST诊疗的医师需要充分认识GIST的生物学特性和疾病发展规律，在诊疗工作中准确识别每一个可能的陷阱。本文从GIST诊疗的各个环节浅析可能存在的陷阱和误区，以期为推进更合理的临床决策提供参考。