1.猝倒病：幼苗被病菌侵染后，基部产生水渍状病斑，接着病部变黄褐色，缢缩成线状。病害发展迅速，在子叶尚未凋萎之前幼苗即猝倒，拔出后接触病部的表面极易脱落，在子叶下发病的成为卡脖子。有时幼苗尚未出土，胚茎和子叶已普遍腐烂。有时幼苗外观与健苗无异，但贴伏在地面而不能挺立，检查这种病苗，可看到其茎基部已收缩似线条状。湿度大时，在病部及其周围的土面长出一层白色菌丝体。苗床土温底、湿度大、白天光照不足，幼苗生长瘦弱时最易发病。另外，播种量大、幼苗过密、水肥过多、通风不良等因素都可引起发病。
　　防治方法：①选用无病床土育苗。
　　②采用0.3%的45%代森锌可湿性粉剂或50%福镁双可湿性粉剂拌种。
　　③用65%代森锌可湿性粉剂1份，掺细土1000份作种子覆土。
　　④向床面撒草木灰或细干土，以降低湿度和提高温度。
　　⑤出苗后发病时可喷64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液，或喷25%瑞毒霉可湿性粉剂800倍液，或喷50%多菌灵可湿性粉剂500倍液。也可用500倍70%敌克松原松粉溶液灌根。
　　2.立枯病：幼苗发病，茎基部先出现椭圆形暗褐色斑，植株地上部分白天萎蔫，夜间恢复正常，随着病情的发展，病斑绕茎1周，整个茎基部干枯收缩，幼苗稍大时，茎基木质化，虽然感病但幼苗直立不倒，俗称“立枯”。立枯病突出的特点是：小苗病部长出白霉，稍大幼苗白霉虽消失，但在病部出现蜘蛛网状淡褐色霉层，猝倒病这种现象不明显。土壤湿度大、低温弱光或密度过大时都易发病。
　　防治方法：①选用没有种过瓜类的大田土作育苗土，或进行苗床消毒。消毒方法是，用50%多菌灵和细土按1：200做成药土，于播种前撒在畦面上并与床土拌匀，播种后床面再撒一层。
　　②出苗后出现点片发病时，应及时将上述药土撒于病苗基部，同时将周围发病幼苗基部也撒上药土。③加强苗床管理，注意适时通风、浇水，防止土壤湿度过大，及时间苗，防止徒长。阴冷天气时应尽量提高苗床地温，减少浇水量。
　　3.生理性病害：①僵苗：僵苗是西瓜苗期主要的生理障碍。表现为幼苗生长量少，展叶慢，新生叶叶色灰绿，叶片增厚，皱缩，组织僵硬;子叶和真叶变黄，地下部根发黄，甚至褐变，新生白根少。西瓜苗一旦发生僵苗，恢复得很慢，会延误有利的生长季节，严重影响产量和效益。苗床气温低，特别是土壤温度低，育苗床土质黏重，定植后连续阴雨，苗床或种植穴施用未经腐熟或未充分掺匀的有机肥而引起烧根或施用化肥过多，或化肥施于根部较近，土壤溶液浓度较高而伤根，幼苗素质差，地下害虫为害根部后根系严重受伤或死亡等，均可能导致僵苗。防治措施：选择疏松、通气性良好的田园土或水稻田土作营养土，尽量不用土质黏重的河泥;改善育苗环境，采用地热线或地膜覆盖育苗，提高地温;苗床施用腐熟的有机肥，远离根部轻施复合肥，或喷施叶面肥，防止伤根;适时适量浇水，以免降低苗床温度和地温，不利根系生长;定植时采用高畦深沟，加强排水，适当增施穴肥（腐熟有机肥和化肥）;移栽前注意炼苗，选择冷尾暖头晴天定植，防止定植后遭受低温的影响;防止蚂蚁和其它地下害虫危害。
　　②徒长苗：西瓜苗生长过于旺盛，出现徒长，表现为节间伸长，叶柄和叶身变长，叶色淡绿，叶质较薄，组织柔嫩。发生原因：西瓜苗床光照不足，温度过高，土壤和空气湿度高，嫁接西瓜育苗过程中，砧木、接穗在温、光、气控制不当时，易出现徒长苗。徒长苗对低温适应性差，容易发生冻害。防治措施：合理调节光、温、湿。苗床温度采取分段管理，适时通风、降湿，增加光照，避免温度过高。降低夜温，加大昼夜温差。在光照不足的条件下，适当降低温度和湿度。