【摘 要】
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目的:筛选宫颈癌组织中差异表达的环状RNA(circular RNA,circRNA),并对其结合的微小RNA(microR-NA,miRNA)及靶向的信使RNA(messenger RNA,mRNA)进行生物信息学分析.方法:从GEO数据库中检索并下载宫颈癌组织芯片数据,利用R 4.1软件进行差异分析,选择表达上调/下调最显著的各5个circRNA,通过circinterac-tome网站预测miRNA和3个生物信息学网站(miRDB、TargetScan、miRTarBase)联合预测靶mRNA,通过
【机 构】
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610041 成都,四川省肿瘤医院·研究所,四川省癌症防治中心,电子科技大学医学院 药学部;610031 成都,四川省妇幼保健院 实验医学中心
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目的:筛选宫颈癌组织中差异表达的环状RNA(circular RNA,circRNA),并对其结合的微小RNA(microR-NA,miRNA)及靶向的信使RNA(messenger RNA,mRNA)进行生物信息学分析.方法:从GEO数据库中检索并下载宫颈癌组织芯片数据,利用R 4.1软件进行差异分析,选择表达上调/下调最显著的各5个circRNA,通过circinterac-tome网站预测miRNA和3个生物信息学网站(miRDB、TargetScan、miRTarBase)联合预测靶mRNA,通过Metascape数据库对其进行功能富集分析.应用STRING在线工具预测mRNA的蛋白互作网络并获得关键mRNA,最后预测关键mRNA与患者预后的关系.结果:通过差异分析,发现宫颈癌组织中共有75个差异表达的circRNA,通过上调/下调最显著的共10个circRNA预测获得202个miRNA和5个预后相关mRNA(POLR2D、JUN、CTNNB1、H2AFZ、RBBP7),最后确定了8条circRNA-miRNA-mRNA调控路径可能参与宫颈癌的发生发展.结论:在宫颈癌组织中异常表达的circRNA及其相关通路将可能成为宫颈癌诊断和治疗的新靶点.
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