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核酸分析系统是一种光、机、电一体化的高精度生化分析仪器，本文主要完成其控制模块的搭建。首先分析了系统应用要求，据此给出了以ARM微处理器为核心的功能模块框架，然后进行了硬件电路搭建，并提出了基于模糊PID的温度控制算法、电机伺服算法，最终软件方面实现了设计。以嵌入式linux系统的移植为阐述重点。依托磁性纳米颗粒的SNP检测技术，开发一种基于嵌入式的快速、高通量且适合于临床诊断分析的核酸分析系统。