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作为高校的二级学术行政组织，院系的学术治理方式呈现出“党政治学”为主导、学术委员会治理为补充的基本形态。院系学术治理方式本质上是将不平等的学术权力配置制度化。这一制度化历史过程，始于建国后高度集中的计划管理体制的确立以及教授权力组织的废除，而后期学术委员会组织的诞生与发展未能根本化解学术权力不平等的状况。