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提高自主创新能力，建设创新型国家，需要强大的科技投入作保障。长期以来，由于党和国家的高度重视,我国科技投入逐年增长。我国全社会研究开发经费已从2002年的1288亿元增加到2007年的3600亿元，占国内生产总值的比重也从1%提高到1.5%，达到历史最高水平。当然，与发达国家相比，我国的科技投入仍然较为有限。不过，更值得关注的是，我国科技投入的体制机制和效益不尽人意。中国是一个发展中国家，浪费不起；我国正处在发展的关键时期，也耽误不起。因此，深化科技管理体制改革，全面提升科技投入效益是我们当前时期面对的一个新的课题。
加强顶层设计，深化科技宏观管理体制改革
毋庸置疑，当前我国科技投入管理与调控缺乏有效的资源整合机制。科技投入政出多门、条块分割、缺乏统筹，往往造成重复立项与支持不足同在；项目研究开发与成果应用分离现象普遍；投入不足与浪费低效并存。这些问题严重制约了我国整体技术创新能力的提高。
因此，应深化科技宏观管理体制改革，加强顶层设计，切实提高科技投入的效益。《国家中长期科学与技术发展规划》制定过程中的经验就值得借鉴。笔者认为，深化科技宏观管理体制改革可以从以下两个方面来展开。
首先，建立统揽科技全局的宏观协调管理机制。在国务院科教领导小组的直接领导下，由科技部全面负责国家科技发展战略与规划、科技政策和重大科技计划的制定，统筹协调国家重大科技计划与各部门、各领域的科技计划以及科技投入的分配，监督并考核各部门、各领域科技计划和科技投入的合理性及效益。
其次，建立健全国家科技决策咨询机制。成立国家科学技术咨询委员会，由来自政府、科技界、经济界、企业界及其他相关领域的战略专家组成，为国家提供科技发展战略和科技政策方面的决策咨询；成立若干专门委员会，由各个学科领域的杰出科学家组成，针对经济社会发展中凸显的重大科学与技术问题向政府提出包括重大计划和项目立项等相关建议；设立动态专家库，尽量囊括各个学科领域的优秀专家，就相关科学与技术问题为政府提供多层次的咨询服务，并参与科技计划与项目执行过程的技术监督。同时，制定国家重大科技计划，鼓励争鸣、注重吸纳不同意见，促进决策科学。
转变政府职能，建立决策、执行和监督分立的科技投入管理机制
加强对科技投入使用的监督和评估，是提高科技投入效益的有效手段。目前，政府科技部门既管经费，又管项目，既是“出资人”，又是“经营者”，还是“监督者”，难以形成有效的评估和监督机制，导致决策不当、资源浪费乃至腐败现象增多，甚至形成了“跑项目比做项目更来劲，做学问的替搞公关的打工”等奇怪现象，科技投入效益大打折扣。
可见，转变政府职能，努力构建决策、执行和监督相分离的科技投入管理机制是非常必要的。
一方面，确保决策权和执行权分离。政府科技行政主管部门会同各相关部门负责科技投入的规划、计划、使用方向和预算决策；同时，成立若干社会化管理的、事业单位性质的、分门别类的基金管理委员会具体负责项目的管理，遵照公开、公平、公正的原则，进行项目的审批、管理和组织实施。
另一方面，可以建立健全多层次的监督问责机制。基金管理委员会负责项目的评估，同时评价与监督项目承担者的信用，依法处理各种违规行为；政府有关部门监督基金管理委员会在审批、资源分配和评估、评价过程中的公正性，同时对结果进行追踪问责和后评价；政府审计部门负责对科技投入使用进行审计，依法处理侵占和滥用科技投入的行为。
加强导向作用，建立科学的人才评价机制
当前，科研成果往往是“只见论文不见效益”，科研功利化倾向越来越明显。由于对科研的评价过于重视奖励和论文数量，评价结果直接和科研单位和人员效益挂钩，致使科研过程急功近利、心浮气躁、好大喜功，疲于拼命争项目，疏于潜心做研究；乐于东拼西凑编文章，忽视关注研究本身的科学意义和研究成果的转化，直接影响了科学研究的质量和效益，甚至还催生种种腐败行为。
因此，应加强政府导向作用，建立科学的人才评价机制。
加强政府导向作用，不仅可以改变对科研院所和高校评估、考核的简单量化倾向，建立符合科学技术本身发展规律的、符合学科特点的、分类导向的成果评估与评价体系，而且还可以减少奖励种类与数量，引导科学与技术研究向支撑国民经济与社会发展、引领攀登科学高峰、夯实发展后劲等基础方向发展。
建立健全科学的人才评价标准，不仅在科研院所和高校建立立足于国民经济与社会发展需要的、科学的人才评价标准，而且建立以学术与技术级别为基础的、辅以绩效考核的薪酬制度，这样就可以给科研人员创造宽松的工作环境，使其能更好地发挥聪明才智。
面向市场，建立健全科技成果转化机制
目前，我国科技成果转化率平均仅为20%，实现产业化的不足5%，专利技术的交易率也只有5％，远远低于发达国家。这说明，我们的科技产出不能很好地转化为经济竞争力和国家竞争力，实际上也大大降低了科技投入的效益。那么，面向市场建立健全科技成果转化机制，促进科技成果转化就显得尤为重要了。具体来说，可以从以下几方面着手：
一是制定完善的促进科技成果转化的法律法规。强化对技术成果转化的法律要求和激励措施。如解决“首创首台”和 “国家核心技术”的政府采购立法问题，尽管政府有关部门已经出台了部门的规范性文件，但真正要引起全社会的高度重视，必需从法律制度上予以完善。
二是加强科技成果交易平台的建设。在国家、省、市各个层面，在企业、大学、科研机构各个领域建立互联、互动、协同的技术成果信息共享与交易的平台和技术评估、转化机构。
三是拓宽科技成果转化融资渠道。中试是科技成果转化的薄弱环节。除了大力发展风险投资，开办创业板外，应尽快开办区域性科技银行，为技术成果中试、产业化提供信贷支持。
四是完善对技术交易的税收优惠政策。新的企业所得税法加大了对技术转移方的税收优惠力度，笔者认为，应该对技术受让方和技术交易服务机构也给予适当的税收优惠政策。
总之，如何将有限的科技投入有效地用到刀刃上，获得更好的效益，这既是我们面临的难题，也是在竞争中求发展的重要选择。
加强顶层设计，深化科技宏观管理体制改革
毋庸置疑，当前我国科技投入管理与调控缺乏有效的资源整合机制。科技投入政出多门、条块分割、缺乏统筹，往往造成重复立项与支持不足同在；项目研究开发与成果应用分离现象普遍；投入不足与浪费低效并存。这些问题严重制约了我国整体技术创新能力的提高。
因此，应深化科技宏观管理体制改革，加强顶层设计，切实提高科技投入的效益。《国家中长期科学与技术发展规划》制定过程中的经验就值得借鉴。笔者认为，深化科技宏观管理体制改革可以从以下两个方面来展开。
首先，建立统揽科技全局的宏观协调管理机制。在国务院科教领导小组的直接领导下，由科技部全面负责国家科技发展战略与规划、科技政策和重大科技计划的制定，统筹协调国家重大科技计划与各部门、各领域的科技计划以及科技投入的分配，监督并考核各部门、各领域科技计划和科技投入的合理性及效益。
其次，建立健全国家科技决策咨询机制。成立国家科学技术咨询委员会，由来自政府、科技界、经济界、企业界及其他相关领域的战略专家组成，为国家提供科技发展战略和科技政策方面的决策咨询；成立若干专门委员会，由各个学科领域的杰出科学家组成，针对经济社会发展中凸显的重大科学与技术问题向政府提出包括重大计划和项目立项等相关建议；设立动态专家库，尽量囊括各个学科领域的优秀专家，就相关科学与技术问题为政府提供多层次的咨询服务，并参与科技计划与项目执行过程的技术监督。同时，制定国家重大科技计划，鼓励争鸣、注重吸纳不同意见，促进决策科学。
转变政府职能，建立决策、执行和监督分立的科技投入管理机制
加强对科技投入使用的监督和评估，是提高科技投入效益的有效手段。目前，政府科技部门既管经费，又管项目，既是“出资人”，又是“经营者”，还是“监督者”，难以形成有效的评估和监督机制，导致决策不当、资源浪费乃至腐败现象增多，甚至形成了“跑项目比做项目更来劲，做学问的替搞公关的打工”等奇怪现象，科技投入效益大打折扣。
可见，转变政府职能，努力构建决策、执行和监督相分离的科技投入管理机制是非常必要的。
一方面，确保决策权和执行权分离。政府科技行政主管部门会同各相关部门负责科技投入的规划、计划、使用方向和预算决策；同时，成立若干社会化管理的、事业单位性质的、分门别类的基金管理委员会具体负责项目的管理，遵照公开、公平、公正的原则，进行项目的审批、管理和组织实施。
另一方面，可以建立健全多层次的监督问责机制。基金管理委员会负责项目的评估，同时评价与监督项目承担者的信用，依法处理各种违规行为；政府有关部门监督基金管理委员会在审批、资源分配和评估、评价过程中的公正性，同时对结果进行追踪问责和后评价；政府审计部门负责对科技投入使用进行审计，依法处理侵占和滥用科技投入的行为。
加强导向作用，建立科学的人才评价机制
当前，科研成果往往是“只见论文不见效益”，科研功利化倾向越来越明显。由于对科研的评价过于重视奖励和论文数量，评价结果直接和科研单位和人员效益挂钩，致使科研过程急功近利、心浮气躁、好大喜功，疲于拼命争项目，疏于潜心做研究；乐于东拼西凑编文章，忽视关注研究本身的科学意义和研究成果的转化，直接影响了科学研究的质量和效益，甚至还催生种种腐败行为。
因此，应加强政府导向作用，建立科学的人才评价机制。
加强政府导向作用，不仅可以改变对科研院所和高校评估、考核的简单量化倾向，建立符合科学技术本身发展规律的、符合学科特点的、分类导向的成果评估与评价体系，而且还可以减少奖励种类与数量，引导科学与技术研究向支撑国民经济与社会发展、引领攀登科学高峰、夯实发展后劲等基础方向发展。
建立健全科学的人才评价标准，不仅在科研院所和高校建立立足于国民经济与社会发展需要的、科学的人才评价标准，而且建立以学术与技术级别为基础的、辅以绩效考核的薪酬制度，这样就可以给科研人员创造宽松的工作环境，使其能更好地发挥聪明才智。
面向市场，建立健全科技成果转化机制
目前，我国科技成果转化率平均仅为20%，实现产业化的不足5%，专利技术的交易率也只有5％，远远低于发达国家。这说明，我们的科技产出不能很好地转化为经济竞争力和国家竞争力，实际上也大大降低了科技投入的效益。那么，面向市场建立健全科技成果转化机制，促进科技成果转化就显得尤为重要了。具体来说，可以从以下几方面着手：
一是制定完善的促进科技成果转化的法律法规。强化对技术成果转化的法律要求和激励措施。如解决“首创首台”和 “国家核心技术”的政府采购立法问题，尽管政府有关部门已经出台了部门的规范性文件，但真正要引起全社会的高度重视，必需从法律制度上予以完善。
二是加强科技成果交易平台的建设。在国家、省、市各个层面，在企业、大学、科研机构各个领域建立互联、互动、协同的技术成果信息共享与交易的平台和技术评估、转化机构。
三是拓宽科技成果转化融资渠道。中试是科技成果转化的薄弱环节。除了大力发展风险投资，开办创业板外，应尽快开办区域性科技银行，为技术成果中试、产业化提供信贷支持。
四是完善对技术交易的税收优惠政策。新的企业所得税法加大了对技术转移方的税收优惠力度，笔者认为，应该对技术受让方和技术交易服务机构也给予适当的税收优惠政策。
总之，如何将有限的科技投入有效地用到刀刃上，获得更好的效益，这既是我们面临的难题，也是在竞争中求发展的重要选择。