【摘 要】
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克隆及测序草鱼(Ctenopharyngodon idella)长江3个群体的主要组织相容性复合体(MHC)Class II B基因编码β1和β2区的第2和第3个外显子及两个外显子之间的内含子,分析了草鱼MH
【机 构】
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华中农业大学水产学院,中国水产科学研究院长江水产研究所,中国水产科学院淡水渔业研究中心,上海海洋大学
【基金项目】
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中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金(淡水渔业研究中心资助);农业部淡水鱼类种质资源与生物技术开放实验室第6期开放课题资助;国家自然科学基金重大项目
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克隆及测序草鱼(Ctenopharyngodon idella)长江3个群体的主要组织相容性复合体(MHC)Class II B基因编码β1和β2区的第2和第3个外显子及两个外显子之间的内含子,分析了草鱼MHC的进化模式和种群遗传结构.结果显示:实验共定义了34个等位基因,每条序列包括长为130～136 bp的第2个外显子,长为218 bp的第3个外显子以及长81～371 bp的内含子.序列分析揭示,第2个外显子有106个核苷酸变异位点(78%)和40个氨基酸变异位点(88%),而第3个外显子有100个核苷酸变异位点(45%)和41个氨基酸变异位点(56%),β1变异要大于β2区.用β1和β2区序列分别构建的邻接(NJ)系统树均显示5个具有高支持率的谱系,结合序列变异特点和内含子长度,推测草鱼至少存在5个MHC Class II座位.分别计算β1的肽结合位点(PBR)、非肽结合位点及β2的非同义替换率(dN)和同义替换率(dS),PBR的dN/dS为2.03(P
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