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深莞惠经济圈正逐步向深莞惠创新型经济圈转变，其建设过程中也存在协调机制障碍明显、创新主体薄弱、创新网络亟待完善等问题。为提升深莞惠经济圈创新发展能力，需建立具有实质约束力的协调机制，主动适应粤港澳大湾区战略，统筹布局产业层级，并顺应产业层级，合理布局创新主体，强化创新核，推进创新网络建设与融合。