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根据数据包络分析（DEA）理论和聚类分析原理。提出基于DEA的聚类分析方法。以投入产出效率为基准，避免主观因素的干扰，通过C^2R模型和C^2GS^2模型不断地寻找有效前沿面，确定规模有效点和技术有效点，进行聚类。聚类结果准确、可靠，是一种既科学又有效的分析方法。之后，利用基于DEA聚类分析方法对国防科技工业资源配置效果进行分析与评价。