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根际细菌在提高植物营养吸收、促进植株生长及提高植物根系抗病性等方面起着重要作用。该研究以同一地块紫花丹参与白花丹参根际细菌为研究对象,采用16S r DNA高通量测序技术研究其群落结构特征与差异性物种,并分析其优势菌群的功能。结果表明,紫花丹参根际的鞘脂杆菌目、鞘脂单胞菌目、亚硝化单胞菌科等优势菌群丰度显著高于白花丹参。丹参根际优势促生细菌的功能主要集中于促进根际土壤养分的转化、降解自毒物质以及提高植物抗环境胁迫能力。该研究首次比较分析了紫花丹参与白花丹参根际细菌群落结构与差异性物种组成,为进一步研究丹参根际微生态过程提供了科学依据。