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利用RFLP和SSR标记对29个玉米自交系进行杂种优势群划分，筛选出56个多态性RFLP探针酶组合， 66对多态性SSR引物，分别在供试材料中检测到187个和232个等位基因变异。两种方法比较表明， SSR标记的平均多态性信息量(PIC， 0.54)高于RFLP(0.42)；但对供试材料的遗传多样性评价基本一致，平均遗传相似系数(GS)分别为0.64和0.62。综合RFLP和SSR分析结果进行聚类分析，将供试材料划分为四平头，旅大红骨， LSC， BSSS和PA五个类群，划分结果与系谱分析基本一致，并把系谱来源不清的种质划分到相应的杂种优势群。其中PN群的确认，进一步完善了我国玉米种质杂种优势群的基本框架，为育种实践提供了有价值的信息。