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建立荧光标记寡核苷酸反相离子对色谱分析方法，优化了流动相醋酸三乙胺浓度（0—0.15mol／L），pH4.5—7.0和洗脱强度等色谱条件。对5-mer，10-mer和15-mer非标记和5′-羧基荧光素（5′FAM）标记寡核苷酸的保留进行比较分析，研究荧光标记寡核苷酸的保留机理，并分离TaqMan^TM探针等多种常用荧光标记寡核苷酸。结果显示，不同长度荧光标记寡核苷酸在0.01moL／L醋酸三乙胺，pH7.0的条件下获得最大分离。荧光标记寡核苷酸的保留与非标记寡核苷酸有明显差异，两者可完全分离。在一定长度