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1952年10月20日，南京大学法学院政治系的大二学生陆锦璧，正慢腾腾地收拾着行李，不情愿地准备离开校园，前往上海。他和同学们这年暑假回来后才听说，国家对高校进行院系调整，南大与安徽、庐江、圣约翰、复旦、东吴、上海七所大学的法律系、政治系均被裁撤，合并为华东政法学院，设立在上海原圣约翰大学校址。
突如其来的通知让他和同学们颇感忐忑，很多人不愿意走，不知道这种合并意味着什么。他们只知道，入学两年来，在“土改”“三反”“思想改造”等运动之后，学校的命运已经越来越不在其师生掌握之中，更多的是“要服从党和国家的安排，为实际需要而服务”。
院长高一涵教授突然来到他们位于成贤街的宿舍，同学们赶紧搬出板凳给他。这位毕业于日本明治大学政法系的教授，这年已经67岁，他编写的《政治学概论》，是法学院大一新生们的必修课，每年由他亲自讲授。那天他坐在学生中间，以和缓的语气安慰道：“同学们，你们先走一步，我们随后也要到上海来。”
陆锦璧这才放下心来。次日，他背起行囊，与十几位同学一同赶赴华东政法学院。
五天后，这座崭新的学校正式挂牌。
新校园的环境不错，校门内有一眼望不到边的大草坪、六百多年树龄的香樟树、圣约翰大学原有的清水墙和红砖瓦……时年23岁的陆锦璧还不知道，他与高一涵院长及其他法学院教授的作别已成诀别，而这一年全国范围的院系调整，不仅对新中国教育模式带来巨大的改变，也将给他的人生带来怎样的转折和惨痛代价。
昔日辉煌
陆锦璧对圣约翰大学的教会大学环境并不陌生。1949年，他曾考入之江大学政治系，这是清末由美国基督教会在华创办的14所大学之一，坐落于杭州钱塘江畔、六和塔西。学校内传道与教学并存，教会与青年团共处，氛围自由且平静。
但陆锦璧更向往国立大学，一来知名的国立大学师资更加雄厚，学科更加成熟；二来，1949年之后，为“与资本主义争夺青年学生资源”，国立大学的学费一再降低，比如1950年南京大学每年学费为12元，次年干脆全免。这对于在战争中家道中落的陆锦璧来说，也是不小的诱惑。于是他决定次年再考，目标正是南京大学。
此时的南京大学正处于一个时代的尾声。自1902年两江总督张之洞等人创办南大的前身三江师范学堂起，历经两江师范学堂、南京高等师范学校、国立东南大学、第四中山大学、江苏大学几次更名，这所学校于1928年正式定名为国立中央大学，成为民国时期最重要的高等学府。
抗战期间，校长罗家伦果断决定迁校至重庆沙坪坝，迁移一次到位，无论人员还是设备，几乎都未受到损害。据中央大学南京校友会会长徐家福介绍，此时中大所得的教育经费，是当时另一名校西南联大的3倍。地处民国时期首都、陪都的“地利”，加上历任校长励精图治的“人和”，使得中大的发展蒸蒸日上。
1946年9月，中大东迁，在南京四牌楼原址复校。复员后的中大拥有7个学院37个系、6个专修科、26个研究所，是当时国立大学系科设置之最。（据1947年3月10日《申报·教育消息栏》统计：当时，中央大学7院37系；北京大学6院26系；清华大学5院23系；复旦大学5院28系；浙江大学6院28系；中山大学7院27系……）
1948年，在普林斯顿大学的世界大学排名中，中央大学已超过日本东京帝国大学（现在的东京大学），居亚洲第一。
然而，当国民党在内战中节节溃败之时，这所由蒋介石任终身名誉校长的学府也将面临新的转折。
1949年4月23日，南京解放。5月7日，南京市军管会接管国立中央大学。8月8日，国立中央大学正式更名为国立南京大学，快步迎接一个红色新时代的到来。
酝酿
1950年9月，满街金桂飘香，大一新生陆锦璧来到国立南京大学报到。他就读的法学院，在当时七大学院中实力非凡——设有法律、政治、经济、社会、边政五个系，有教师80人，其中教授、副教授58人，包括著名的社会学家孙本文，法学家戴修瓒、何联奎，历史学家朱锲、韩儒林，经济学家赵兰坪、巫宝三、胡善恒等，师资力量雄厚。这令陆锦璧对未来充满期待。
然而，尽管大规模的调整尚未开始，陆锦璧已观察到些微的变动。10月10日，校名去掉“国立”二字，成为“南京大学”。同年，南大法学院最具特色的边政系被取消，社会学系则并入政治系，原因是学科具有“资产阶级性质”。南大医学院则于1950年7月划归华东军政委员会卫生部管理，经费供给由军区卫生部负责，紧接着，1951年2月正式划归华东军区领导，更名为华东军区军医学院。
“这时医学院已跟南大脱离了，除专业课之外没有其他课程。大部分同学都获准参军，每天穿军装，上早操。”1949年进入中央大学医学院的雷同声回忆，时逢台海形势不明，国家又在号召支持抗美援朝，所以同学们参军入伍、保家卫国的情绪高涨。“少数不愿参军的另编一班，由高年级学生给他们授课。”
多年后翻查历史资料，陆锦璧才知道，早在1950年6月1日，时任教育部部长的马叙伦就在第一次全国高等教育会议上明确提出：“我们要在统一的方针下，按照必要和可能，初步调整全国公私立高等学校或其某些院系，以便更好地配合国家建设的需要”。同月，毛泽东在中共七届三中全会上也提出：“有步骤地谨慎地进行旧有学校教育事业和旧有社会文化事业的改革工作”，“在这个问题上，拖延时间不愿改革的思想是不对的”。
不少接受过欧美教育的知名学者，如费孝通、华罗庚等人，都不赞成以苏联体制来代替现行的西方教育制度。调整计划不得不放缓，但当时的教育部副部长兼党组负责人钱俊瑞表示：“高等学校教师中还浓厚地保存着欧美资产阶级的反动思想……对于苏联的先进科学和技术则投以不值一顾的轻视的眼光……这是危险到极点的思想敌人。”为此，以高校知识分子为对象的思想改造运动在全国展开。
陆锦璧对这场运动记忆犹新。那时全校搞“思想改造展览”，在体育馆两块紧连着的室内篮球场上，铺满教授的著作、论文、讲义，凡“政治不正确”之处，都加上朱批，让全校学生轮流参观。生物系教授对蚯蚓的研究，园艺系教授对《红楼梦》中大观园园林艺术的研究等，都被戴上“资产阶级”的帽子。
一次，文学院教授高植被当作思想改造的典型代表，来法学院做报告。这位第一位直接从俄文原文翻译托尔斯泰作品的译者，检讨当年翻译《战争与和平》时，因为担心自己资历太浅，难以发表，便写信给从英文版翻译此书的郭沫若，希望能以他的名字发表。后来郭沫若同意两人共同署名，郭名在前，稿费平分。“高教授就自我检讨，说这是资产阶级追求名利的思想，检讨得痛哭流涕。我们第一次见到老师在学生面前这样哭，百思不得其解。”
更让他震惊的是对院长高一涵的指责。高一涵是《新青年》主要的撰稿人，1928年就经李大钊介绍入党，实在没有什么可批判的。他在自我检查中提到一句，说早年在北大教课时，就在图书馆见过毛泽东。结果发言完毕后，做主持的大三学生就当众问院长：你特意谈这件事的目的是什么？是为了炫耀曾经比毛主席的地位还高？
行动
南京大学历史系教授茅家琦1951年于法学院经济系毕业，作为政治干部留校，1952年参与院系调整中的图书分配工作。
据茅家琦回忆，其实自1949年起，对南大的控制已经开始。那时对教授仍实行聘用制，每年暑假发一次聘书，1949年暑假，接管学校的军代表出了个主意，聘书不要一次发出去，先发给一部分“政治进步”的人。许多没有接到聘书的教授担心下一年没有工作，纷纷离开南大去了上海，师资就此流失。
紧接着， 1951年11月的全国工学院院长会议提出了工学院调整方案，其中就涉及到南京大学的调整措施：“将南京大学的工学院划出来，和金陵大学的电机工程系、化学工程系及之江大学的建筑系合并，成立南京工学院”；“将南京大学、浙江大学两个航空工程系合并于交通大学，成立航空工程学院”。但这一工学院调整方案尚未付诸实施，1952年，以华北、东北、华东三大区为重点的高等学校院系调整便全面展开。
1952年的暑假之后，一切都变了。当陆锦璧准备离开南京的时候，南大校园纷纷攘攘，不同院系的师生们各自为未来的搬迁而奔忙。南京大学被一分为八，分配方案令师生们瞠目结舌。用茅家琦的话说，“院系调整也作为运动来搞，”让南大“伤了元气”。
作为图书馆的政治干部，茅家琦跟随南京大学本部迁到原金陵大学校址。按照部署，南大与金大两校的文、理学院于此合并，另外还并入复旦大学外文系德文组、震旦大学外文系法文组、同济大学外文组、齐鲁大学天文算学系、中山大学天文系、浙江大学地理学系地理组等。
金陵大学校址位于鼓楼西南坡的天津路，距离原南京大学所在的四牌楼仅几个路口。这个创建于1888年的老校区经历了太多风雨，早年为美国基督教会创办的私立大学，抗战时学校西迁成都，留守人员由于美国教会性质，将校园辟为避难所，保护了成千上万的难民——校园东侧的小粉桥1号小洋楼，正是南京安全区国际委员会主席拉贝的故居——太平洋战争爆发后，此地又被汪精卫的军队占领，辟为汪伪政权的南京中央大学。直到抗战结束，金大东还，才重新接管校园。
1949年后，金陵大学与其他所有教会学校一样，与外国教会断绝关系，改为私立。1951年，金陵大学与金陵女子文理学院合并，并接受政府经费，改为公立金陵大学。1952年，又与南京大学合并，以“金陵大学”为名的历史就此终结。
“前一年已经经历过两校合并，到1952年再合并，就没有太大的震动了。”原金陵大学生物系助教萧信生回忆。当时金大共有文、理、农三院，设有22个系，文理两院合并到南京大学。金大农学院则与南京大学的农学院合并，并调入浙江大学农学院的部分系科，组建为南京农学院（即今南京农业大学），校址暂设丁家桥，1958年搬迁到南京东郊卫岗新址。
南京大学在四牌楼的原址，则由南大工学院、农学院的农业工程系，以及金陵大学的电机、化工两系合而成的南京工学院接管，即今天的东南大学。由于设立在中央大学原址，颇有承接正统之感，东南大学的校徽主体至今仍延续了中央大学校徽的倒三角形，内部图案则为校园标志性建筑绿顶大礼堂。
最复杂的是此前已划归军区的医学院。1949年入学的王静宁简直要记不清楚母校的名字了，自从入学开始，学校不断更名：中央大学、国立南京大学、南京大学、华东军区军医学院、第三军医学院、第五军医大学……由于在学校期间没有参军，1954年不能去西安，便分配到镇江医学院。报考时进入赫赫有名的中央大学医学院，毕业时拿到的却是镇江医学院文凭，她的心里不免失落：“那时也很想跟同学们一起去西安，但是没办法。”
失落的人不止她一个。1950年考入南大音乐系的鲁兆璋回忆，虽然当时大部分学生想法比较单纯，服从上级安排，但也有一些师生较为不满。南大的音乐系隶属于师范学院，1952年独立出来，并入金陵大学的教育、儿童福利两系，组建成了南京师范学院（即今南京师范大学）。但当时金女大的音乐系就并入了上海音乐学院，相比之下差距甚远。
此外，南京大学工学院水利系与交通大学水利系、同济大学和浙江大学两校的土木系水利组，组建成华东水利学院（即今河海大学）；南京大学农学院森林系与金陵大学农学院森林系合并，组建南京林学院（即今南京林业大学）；南京大学工学院航空工程系与交通大学、浙江大学两校的航空系合并，组建为华东航空学院。1957年迁往西安，更名为西安航空学院，后与西北工学院合并为西北工业大学。
除以上八个由老南大衍生出来的院校之外，还有一些单独的科系被调出。南大知名的文学院哲学系教授苗力田，此时就随哲学系并入北京大学哲学系；金陵大学经济系学生吴敬琏，与南大经济系学生一起，调整至复旦大学经济系；法学院的法律系与政治系，包含陆锦璧在内的16个学生，则一起进入华东政法学院。
尘埃落定之后，原有37个系的南京大学，仅余13个系，由此带来的创伤一目了然。而其中的心理学系由于被认为是“唯心主义”“资产阶级伪科学”，自 1952年后便未再招生，仅因为校长潘菽为心理学专家，力争保留师资而未撤销，有其名而无其实。
1955年下半年，根据高教部的指示，南大又将天文系与数学系合并，改称数学天文系，俄罗斯语言文学系与西方语言文学系合并为外国语言文学系，心理学系并入生物系。这样，至1956年9月，南京大学仅余10个系。
这所曾经居亚洲之首的大学被彻底打碎了。尽管加强了工程、师范和农林等方面的专业人才的培养，尤其使工科类专门学院有了相当的发展，但人文社科领域不少具有特色的系科被撤销或调出，实为重大损失。有老教授痛心疾首感慨，“把一个好端端的南大，打得五痨七伤，断腿残足，人走楼空。”
有人将这种重创归于南大的“原罪”，即其作为国民政府的中央大学，地处首都、陪都，战时曾由蒋介石担任过一段时间校长，并任终身名誉校长。南京大学高等教育研究所所长、《南京大学百年史》副主编龚放认为，这更多应为“地缘政治”的关系。“首都从南京改为北京，南大就从首都的重要大学变为华东地区的重要大学。比如浙江大学就与国民政府没什么联系，但也被地方化了。”
一“左”到底
陆锦璧终于没有等来他的老师们。1957年5月19日，《人民日报》发表了一篇报道，题为《南京市十位学者：对撤销南京大学法学院提出批评》。直到此时，他才得知当年南大法学院教授们的去向，结果让他十分意外，也倍感心酸。
院长高一涵、教过他《国际关系史》的政治系教授史国纲、历史系教授朱锲等，被调离教学岗位，任江苏省省委参事室任参事，“既无事可参，也无法从事专业”；法律系主任赵之远、教授吴学义、祝修爵分别被调去南京师范学院、华东药学院、南京工学院三所学校的图书馆；南大社会学系主任孙本文，调入地理系教统计学；原金陵大学社会学系主任柯象峰，调到外文系教英文；而政治系的教授王明辉，居然去了南京师范学院教美术。
很快，1957年，“大鸣大放”的整风运动开始。 5月18日，南京大学校刊以“春风已吹到南大”为题，报道了学校鸣放情况。5月30日，北园校门口率先出现大字报，一天里就贴出五百多张。
陆锦璧在其主编的团刊《青年教师》上发表一篇短文，题为《向院党委提两点批评和建议》，指出，“我院同全国高校一样，当前的主要矛盾是学生对教学越来越高的要求同教学质量相对落后的现状之间的矛盾。”其中一句“要强调教师在各个教学环节中始终处于主导地位”，被院领导断定是“反对党的领导”，因此被打成“右派”。
已经成为预备党员的女友闻讯，马上与陆锦璧分手。两人在上海静安寺最后一次见面，时值1957年中秋，陆锦璧带去一包月饼，女友却不肯接受。他心酸地说：“你放心吧，吃我的月饼绝对不会丧失立场。
弯路
1959年，30岁的陆锦璧被发配青海，到西宁市一家劳改单位任工会干事，后来又辗转到柴达木盆地边沿服苦役，直到1983年才最终获得平反。1984年，陆锦璧重返华政校园，从事中国法律思想史和外国法制史教研，此时他已55岁，7年后便退休。
如今83岁的陆锦璧回想这些往事，不断感慨1952年起开始的命运转折，自那时起的三十多年里，他人生最黄金的一段时光都被各种政治运动占据着，无法真正学习和教学，到晚年才得以回归。
与他同龄的雷同声也颇为感慨。当年他与同班同学、后来的太太李中，都被各自导师看中，希望留在医学院任教。但院系调整一来，医学院归入军区，去留不再由教授定夺。1954年他们毕业时，正赶上学院大举迁往西安，没有一个人得以留校。最后，雷同声调入北京军委卫生部，李中则分到地方医院门诊。“如果不是赶上院系调整，我们可能就会走另外一条路了。”
高校教育体制本身，也走了这样一段大弯路。许多当初被废置的专业，后来经证明不可或缺，又陆续恢复。1957年，南大重建英语教研组，改变了只学俄语的状况；1960年，成立了政治学系，设政治专业，70年代末政治学系政治学专业随后改名为哲学系哲学专业。
1978年上半年，在外文系增设了日语专业；1978年下半年，恢复了经济学系，设立了经济学专业；1980年，经济系经济学专业分为政治经济学专业和经济管理专业；1981年，恢复法律学系；1987年，重建了医学院。
即便做了如上努力，南京大学仍然难以恢复早先中央大学、国立南京大学时的鼎盛。1959年国家公布首批重点20所全国重点大学，南京大学并不在其列，直到名单扩充到64所时才入榜。
今年，南京有六所院校都将庆祝其110周年校庆，南京大学、东南大学、南京师范大学、南京农业大学、南京林业大学、南京工业大学（2001年南京化工大学与南京建筑学院合并而成，而南京化工大学来自1958年从南京工学院独立出来的南京化工学院）。它们都将历史追溯到了1902年的三江师范学堂，现在却以六个不同的身份存在着，尽管因此培养出更多的专业人才，但1952年计划经济时代带来的尴尬与创痛一望而知。
而陆锦璧并不打算在校庆时回南京，他轻描淡写地说，“我与南大已经没有什么关系了，南大校友录上也没有我的名字。”尽管离开南京大学校园之前的求学时光，仍是他至今最怀念的。
突如其来的通知让他和同学们颇感忐忑，很多人不愿意走，不知道这种合并意味着什么。他们只知道，入学两年来，在“土改”“三反”“思想改造”等运动之后，学校的命运已经越来越不在其师生掌握之中，更多的是“要服从党和国家的安排，为实际需要而服务”。
院长高一涵教授突然来到他们位于成贤街的宿舍，同学们赶紧搬出板凳给他。这位毕业于日本明治大学政法系的教授，这年已经67岁，他编写的《政治学概论》，是法学院大一新生们的必修课，每年由他亲自讲授。那天他坐在学生中间，以和缓的语气安慰道：“同学们，你们先走一步，我们随后也要到上海来。”
陆锦璧这才放下心来。次日，他背起行囊，与十几位同学一同赶赴华东政法学院。
五天后，这座崭新的学校正式挂牌。
新校园的环境不错，校门内有一眼望不到边的大草坪、六百多年树龄的香樟树、圣约翰大学原有的清水墙和红砖瓦……时年23岁的陆锦璧还不知道，他与高一涵院长及其他法学院教授的作别已成诀别，而这一年全国范围的院系调整，不仅对新中国教育模式带来巨大的改变，也将给他的人生带来怎样的转折和惨痛代价。
昔日辉煌
陆锦璧对圣约翰大学的教会大学环境并不陌生。1949年，他曾考入之江大学政治系，这是清末由美国基督教会在华创办的14所大学之一，坐落于杭州钱塘江畔、六和塔西。学校内传道与教学并存，教会与青年团共处，氛围自由且平静。
但陆锦璧更向往国立大学，一来知名的国立大学师资更加雄厚，学科更加成熟；二来，1949年之后，为“与资本主义争夺青年学生资源”，国立大学的学费一再降低，比如1950年南京大学每年学费为12元，次年干脆全免。这对于在战争中家道中落的陆锦璧来说，也是不小的诱惑。于是他决定次年再考，目标正是南京大学。
此时的南京大学正处于一个时代的尾声。自1902年两江总督张之洞等人创办南大的前身三江师范学堂起，历经两江师范学堂、南京高等师范学校、国立东南大学、第四中山大学、江苏大学几次更名，这所学校于1928年正式定名为国立中央大学，成为民国时期最重要的高等学府。
抗战期间，校长罗家伦果断决定迁校至重庆沙坪坝，迁移一次到位，无论人员还是设备，几乎都未受到损害。据中央大学南京校友会会长徐家福介绍，此时中大所得的教育经费，是当时另一名校西南联大的3倍。地处民国时期首都、陪都的“地利”，加上历任校长励精图治的“人和”，使得中大的发展蒸蒸日上。
1946年9月，中大东迁，在南京四牌楼原址复校。复员后的中大拥有7个学院37个系、6个专修科、26个研究所，是当时国立大学系科设置之最。（据1947年3月10日《申报·教育消息栏》统计：当时，中央大学7院37系；北京大学6院26系；清华大学5院23系；复旦大学5院28系；浙江大学6院28系；中山大学7院27系……）
1948年，在普林斯顿大学的世界大学排名中，中央大学已超过日本东京帝国大学（现在的东京大学），居亚洲第一。
然而，当国民党在内战中节节溃败之时，这所由蒋介石任终身名誉校长的学府也将面临新的转折。
1949年4月23日，南京解放。5月7日，南京市军管会接管国立中央大学。8月8日，国立中央大学正式更名为国立南京大学，快步迎接一个红色新时代的到来。
酝酿
1950年9月，满街金桂飘香，大一新生陆锦璧来到国立南京大学报到。他就读的法学院，在当时七大学院中实力非凡——设有法律、政治、经济、社会、边政五个系，有教师80人，其中教授、副教授58人，包括著名的社会学家孙本文，法学家戴修瓒、何联奎，历史学家朱锲、韩儒林，经济学家赵兰坪、巫宝三、胡善恒等，师资力量雄厚。这令陆锦璧对未来充满期待。
然而，尽管大规模的调整尚未开始，陆锦璧已观察到些微的变动。10月10日，校名去掉“国立”二字，成为“南京大学”。同年，南大法学院最具特色的边政系被取消，社会学系则并入政治系，原因是学科具有“资产阶级性质”。南大医学院则于1950年7月划归华东军政委员会卫生部管理，经费供给由军区卫生部负责，紧接着，1951年2月正式划归华东军区领导，更名为华东军区军医学院。
“这时医学院已跟南大脱离了，除专业课之外没有其他课程。大部分同学都获准参军，每天穿军装，上早操。”1949年进入中央大学医学院的雷同声回忆，时逢台海形势不明，国家又在号召支持抗美援朝，所以同学们参军入伍、保家卫国的情绪高涨。“少数不愿参军的另编一班，由高年级学生给他们授课。”
多年后翻查历史资料，陆锦璧才知道，早在1950年6月1日，时任教育部部长的马叙伦就在第一次全国高等教育会议上明确提出：“我们要在统一的方针下，按照必要和可能，初步调整全国公私立高等学校或其某些院系，以便更好地配合国家建设的需要”。同月，毛泽东在中共七届三中全会上也提出：“有步骤地谨慎地进行旧有学校教育事业和旧有社会文化事业的改革工作”，“在这个问题上，拖延时间不愿改革的思想是不对的”。
不少接受过欧美教育的知名学者，如费孝通、华罗庚等人，都不赞成以苏联体制来代替现行的西方教育制度。调整计划不得不放缓，但当时的教育部副部长兼党组负责人钱俊瑞表示：“高等学校教师中还浓厚地保存着欧美资产阶级的反动思想……对于苏联的先进科学和技术则投以不值一顾的轻视的眼光……这是危险到极点的思想敌人。”为此，以高校知识分子为对象的思想改造运动在全国展开。
陆锦璧对这场运动记忆犹新。那时全校搞“思想改造展览”，在体育馆两块紧连着的室内篮球场上，铺满教授的著作、论文、讲义，凡“政治不正确”之处，都加上朱批，让全校学生轮流参观。生物系教授对蚯蚓的研究，园艺系教授对《红楼梦》中大观园园林艺术的研究等，都被戴上“资产阶级”的帽子。
一次，文学院教授高植被当作思想改造的典型代表，来法学院做报告。这位第一位直接从俄文原文翻译托尔斯泰作品的译者，检讨当年翻译《战争与和平》时，因为担心自己资历太浅，难以发表，便写信给从英文版翻译此书的郭沫若，希望能以他的名字发表。后来郭沫若同意两人共同署名，郭名在前，稿费平分。“高教授就自我检讨，说这是资产阶级追求名利的思想，检讨得痛哭流涕。我们第一次见到老师在学生面前这样哭，百思不得其解。”
更让他震惊的是对院长高一涵的指责。高一涵是《新青年》主要的撰稿人，1928年就经李大钊介绍入党，实在没有什么可批判的。他在自我检查中提到一句，说早年在北大教课时，就在图书馆见过毛泽东。结果发言完毕后，做主持的大三学生就当众问院长：你特意谈这件事的目的是什么？是为了炫耀曾经比毛主席的地位还高？
行动
南京大学历史系教授茅家琦1951年于法学院经济系毕业，作为政治干部留校，1952年参与院系调整中的图书分配工作。
据茅家琦回忆，其实自1949年起，对南大的控制已经开始。那时对教授仍实行聘用制，每年暑假发一次聘书，1949年暑假，接管学校的军代表出了个主意，聘书不要一次发出去，先发给一部分“政治进步”的人。许多没有接到聘书的教授担心下一年没有工作，纷纷离开南大去了上海，师资就此流失。
紧接着， 1951年11月的全国工学院院长会议提出了工学院调整方案，其中就涉及到南京大学的调整措施：“将南京大学的工学院划出来，和金陵大学的电机工程系、化学工程系及之江大学的建筑系合并，成立南京工学院”；“将南京大学、浙江大学两个航空工程系合并于交通大学，成立航空工程学院”。但这一工学院调整方案尚未付诸实施，1952年，以华北、东北、华东三大区为重点的高等学校院系调整便全面展开。
1952年的暑假之后，一切都变了。当陆锦璧准备离开南京的时候，南大校园纷纷攘攘，不同院系的师生们各自为未来的搬迁而奔忙。南京大学被一分为八，分配方案令师生们瞠目结舌。用茅家琦的话说，“院系调整也作为运动来搞，”让南大“伤了元气”。
作为图书馆的政治干部，茅家琦跟随南京大学本部迁到原金陵大学校址。按照部署，南大与金大两校的文、理学院于此合并，另外还并入复旦大学外文系德文组、震旦大学外文系法文组、同济大学外文组、齐鲁大学天文算学系、中山大学天文系、浙江大学地理学系地理组等。
金陵大学校址位于鼓楼西南坡的天津路，距离原南京大学所在的四牌楼仅几个路口。这个创建于1888年的老校区经历了太多风雨，早年为美国基督教会创办的私立大学，抗战时学校西迁成都，留守人员由于美国教会性质，将校园辟为避难所，保护了成千上万的难民——校园东侧的小粉桥1号小洋楼，正是南京安全区国际委员会主席拉贝的故居——太平洋战争爆发后，此地又被汪精卫的军队占领，辟为汪伪政权的南京中央大学。直到抗战结束，金大东还，才重新接管校园。
1949年后，金陵大学与其他所有教会学校一样，与外国教会断绝关系，改为私立。1951年，金陵大学与金陵女子文理学院合并，并接受政府经费，改为公立金陵大学。1952年，又与南京大学合并，以“金陵大学”为名的历史就此终结。
“前一年已经经历过两校合并，到1952年再合并，就没有太大的震动了。”原金陵大学生物系助教萧信生回忆。当时金大共有文、理、农三院，设有22个系，文理两院合并到南京大学。金大农学院则与南京大学的农学院合并，并调入浙江大学农学院的部分系科，组建为南京农学院（即今南京农业大学），校址暂设丁家桥，1958年搬迁到南京东郊卫岗新址。
南京大学在四牌楼的原址，则由南大工学院、农学院的农业工程系，以及金陵大学的电机、化工两系合而成的南京工学院接管，即今天的东南大学。由于设立在中央大学原址，颇有承接正统之感，东南大学的校徽主体至今仍延续了中央大学校徽的倒三角形，内部图案则为校园标志性建筑绿顶大礼堂。
最复杂的是此前已划归军区的医学院。1949年入学的王静宁简直要记不清楚母校的名字了，自从入学开始，学校不断更名：中央大学、国立南京大学、南京大学、华东军区军医学院、第三军医学院、第五军医大学……由于在学校期间没有参军，1954年不能去西安，便分配到镇江医学院。报考时进入赫赫有名的中央大学医学院，毕业时拿到的却是镇江医学院文凭，她的心里不免失落：“那时也很想跟同学们一起去西安，但是没办法。”
失落的人不止她一个。1950年考入南大音乐系的鲁兆璋回忆，虽然当时大部分学生想法比较单纯，服从上级安排，但也有一些师生较为不满。南大的音乐系隶属于师范学院，1952年独立出来，并入金陵大学的教育、儿童福利两系，组建成了南京师范学院（即今南京师范大学）。但当时金女大的音乐系就并入了上海音乐学院，相比之下差距甚远。
此外，南京大学工学院水利系与交通大学水利系、同济大学和浙江大学两校的土木系水利组，组建成华东水利学院（即今河海大学）；南京大学农学院森林系与金陵大学农学院森林系合并，组建南京林学院（即今南京林业大学）；南京大学工学院航空工程系与交通大学、浙江大学两校的航空系合并，组建为华东航空学院。1957年迁往西安，更名为西安航空学院，后与西北工学院合并为西北工业大学。
除以上八个由老南大衍生出来的院校之外，还有一些单独的科系被调出。南大知名的文学院哲学系教授苗力田，此时就随哲学系并入北京大学哲学系；金陵大学经济系学生吴敬琏，与南大经济系学生一起，调整至复旦大学经济系；法学院的法律系与政治系，包含陆锦璧在内的16个学生，则一起进入华东政法学院。
尘埃落定之后，原有37个系的南京大学，仅余13个系，由此带来的创伤一目了然。而其中的心理学系由于被认为是“唯心主义”“资产阶级伪科学”，自 1952年后便未再招生，仅因为校长潘菽为心理学专家，力争保留师资而未撤销，有其名而无其实。
1955年下半年，根据高教部的指示，南大又将天文系与数学系合并，改称数学天文系，俄罗斯语言文学系与西方语言文学系合并为外国语言文学系，心理学系并入生物系。这样，至1956年9月，南京大学仅余10个系。
这所曾经居亚洲之首的大学被彻底打碎了。尽管加强了工程、师范和农林等方面的专业人才的培养，尤其使工科类专门学院有了相当的发展，但人文社科领域不少具有特色的系科被撤销或调出，实为重大损失。有老教授痛心疾首感慨，“把一个好端端的南大，打得五痨七伤，断腿残足，人走楼空。”
有人将这种重创归于南大的“原罪”，即其作为国民政府的中央大学，地处首都、陪都，战时曾由蒋介石担任过一段时间校长，并任终身名誉校长。南京大学高等教育研究所所长、《南京大学百年史》副主编龚放认为，这更多应为“地缘政治”的关系。“首都从南京改为北京，南大就从首都的重要大学变为华东地区的重要大学。比如浙江大学就与国民政府没什么联系，但也被地方化了。”
一“左”到底
陆锦璧终于没有等来他的老师们。1957年5月19日，《人民日报》发表了一篇报道，题为《南京市十位学者：对撤销南京大学法学院提出批评》。直到此时，他才得知当年南大法学院教授们的去向，结果让他十分意外，也倍感心酸。
院长高一涵、教过他《国际关系史》的政治系教授史国纲、历史系教授朱锲等，被调离教学岗位，任江苏省省委参事室任参事，“既无事可参，也无法从事专业”；法律系主任赵之远、教授吴学义、祝修爵分别被调去南京师范学院、华东药学院、南京工学院三所学校的图书馆；南大社会学系主任孙本文，调入地理系教统计学；原金陵大学社会学系主任柯象峰，调到外文系教英文；而政治系的教授王明辉，居然去了南京师范学院教美术。
很快，1957年，“大鸣大放”的整风运动开始。 5月18日，南京大学校刊以“春风已吹到南大”为题，报道了学校鸣放情况。5月30日，北园校门口率先出现大字报，一天里就贴出五百多张。
陆锦璧在其主编的团刊《青年教师》上发表一篇短文，题为《向院党委提两点批评和建议》，指出，“我院同全国高校一样，当前的主要矛盾是学生对教学越来越高的要求同教学质量相对落后的现状之间的矛盾。”其中一句“要强调教师在各个教学环节中始终处于主导地位”，被院领导断定是“反对党的领导”，因此被打成“右派”。
已经成为预备党员的女友闻讯，马上与陆锦璧分手。两人在上海静安寺最后一次见面，时值1957年中秋，陆锦璧带去一包月饼，女友却不肯接受。他心酸地说：“你放心吧，吃我的月饼绝对不会丧失立场。
弯路
1959年，30岁的陆锦璧被发配青海，到西宁市一家劳改单位任工会干事，后来又辗转到柴达木盆地边沿服苦役，直到1983年才最终获得平反。1984年，陆锦璧重返华政校园，从事中国法律思想史和外国法制史教研，此时他已55岁，7年后便退休。
如今83岁的陆锦璧回想这些往事，不断感慨1952年起开始的命运转折，自那时起的三十多年里，他人生最黄金的一段时光都被各种政治运动占据着，无法真正学习和教学，到晚年才得以回归。
与他同龄的雷同声也颇为感慨。当年他与同班同学、后来的太太李中，都被各自导师看中，希望留在医学院任教。但院系调整一来，医学院归入军区，去留不再由教授定夺。1954年他们毕业时，正赶上学院大举迁往西安，没有一个人得以留校。最后，雷同声调入北京军委卫生部，李中则分到地方医院门诊。“如果不是赶上院系调整，我们可能就会走另外一条路了。”
高校教育体制本身，也走了这样一段大弯路。许多当初被废置的专业，后来经证明不可或缺，又陆续恢复。1957年，南大重建英语教研组，改变了只学俄语的状况；1960年，成立了政治学系，设政治专业，70年代末政治学系政治学专业随后改名为哲学系哲学专业。
1978年上半年，在外文系增设了日语专业；1978年下半年，恢复了经济学系，设立了经济学专业；1980年，经济系经济学专业分为政治经济学专业和经济管理专业；1981年，恢复法律学系；1987年，重建了医学院。
即便做了如上努力，南京大学仍然难以恢复早先中央大学、国立南京大学时的鼎盛。1959年国家公布首批重点20所全国重点大学，南京大学并不在其列，直到名单扩充到64所时才入榜。
今年，南京有六所院校都将庆祝其110周年校庆，南京大学、东南大学、南京师范大学、南京农业大学、南京林业大学、南京工业大学（2001年南京化工大学与南京建筑学院合并而成，而南京化工大学来自1958年从南京工学院独立出来的南京化工学院）。它们都将历史追溯到了1902年的三江师范学堂，现在却以六个不同的身份存在着，尽管因此培养出更多的专业人才，但1952年计划经济时代带来的尴尬与创痛一望而知。
而陆锦璧并不打算在校庆时回南京，他轻描淡写地说，“我与南大已经没有什么关系了，南大校友录上也没有我的名字。”尽管离开南京大学校园之前的求学时光，仍是他至今最怀念的。