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枯水期嘉陵江小三峡有４个附生藻类群落，即刚毛藻群落、颤藻－鞘丝藻群落、直链藻－等片藻群落和鱼子菜－红毛藻群落。根据Ｆｊｅｒｄｉｎｇｓｔａｄ提出的以生物群落指示环境污染，结合Ｋｏｌｋｗｉｔｚ的污水生物系统，以及枯水期小三峡浮游藻类优势种和其它理化指标进行综合分析结果表明，枯水期小三峡水质污染程度由低到高排列顺序为：沥鼻峡＜温塘峡＜观音峡，除毛背沱和水土沱为α－中污带水质外，其余各点均为β－中污带水质。