目的:探究粗茎秦艽种子萌发过程中马钱苷酸和龙胆苦苷的含量变化。方法:建立粗茎秦艽种子中马钱苷酸和龙胆苦苷高效液相色谱（HPLC）含量测定方法:Cat C18色谱柱（4.6 mm×150 mm,3.5μm）,流动相为乙腈（A）-0.04%乙酸水（B）,梯度洗脱,流速0.8 m L·min^-1,检测波长为254 nm,柱温为30℃,进样量为5μL。测定种子不同萌发时期马钱苷酸和龙胆苦苷的含量。结果:马钱苷酸和龙胆苦苷的线性范围分别为35.5⁷61.5 mg·L^-1（r₁=1.000 0）,4.8¹03.1 mg·L^-1（r₂=0.999 9）,线性关系良好,平均加样回收率分别为98.30%（RSD 1.9%）,99.85%（RSD 2.6%）;粗茎秦艽种子在萌发过程中,马钱苷酸的含量呈不断降低的趋势,龙胆苦苷的含量呈不断上升的趋势。结论:粗茎秦艽种子萌发过程中,龙胆苦苷和马钱苷酸的含量动态变化呈负相关性趋势,且相关性程度与种子的发芽率有关。