【摘 要】
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目的:用生物信息学分析方法初步构建食管癌miRNA和mRNA的调控网络,探索其在食管癌中的分子调控机制.方法:从GEO下载数据集GSE114110(n10 T30),GSE59973(n3 T3)使用GEO2R进行
【机 构】
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石河子大学医学院病理系/石河子大学医学院第一附属医院病理科,新疆石河子,832002;首都医科大学附属北京朝阳医院病理科,北京,100016
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目的:用生物信息学分析方法初步构建食管癌miRNA和mRNA的调控网络,探索其在食管癌中的分子调控机制.方法:从GEO下载数据集GSE114110(n10 T30),GSE59973(n3 T3)使用GEO2R进行差异表达基因分析,使用R语言软件probezsylnbol做热图分析;再通过GEOR2对食管癌差异mRNA进行分析及funrich对miRNA靶基因预测和mRNA预测取交集,使用DAVID和Cytoscape中的插件CluGO进行GO富集分析,最后通过下载预后数据绘制miRNAs的Kaplan-Meier生存曲线.结果:从GSE114110和GSE59973中取交集共获得7个差异表达miRNAs,miR-34c-5p、 miR-455-3p、 miR-455-5p、miR-944属于高频上调表达的miRNAs,miR-139-5p、miR-1、miR-133b属于高频下调表达的miRNAs;miRNAs主要富集于转录因子活性,转运蛋白活性等;并筛选出56个靶基因,构建了食管癌miRNA-mRNA分子调控网络,并筛选出结合和发挥作用的mRNAs,其功能主要富集为转录抑制子活性,RNA聚合酶Ⅱ转录因子结合等.其中4个与mRNAs有靶向结合的miRNAs预后分析表明miR-455-5p、miR-34c-5p、miR-455-3p的高表达及miR-133b低表达患者的总体生存时间缩短.结论:通过数据库挖掘方法构建的miRNA-mRNA调控网络,发现miR-455-5p、miR-34c-5p、miR-455-3p及miR-133b参与食管癌的发生和发展,且与不良预后相关,为研究食管癌发病机制、探索联合miRNA及其靶基因mRNA作为临床诊断标志物及预后提供了可靠的研究方向.
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