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针对传统AHP-FCE评估法确定指标隶属函数困难的情况，提出改进AHP-FCE算法，在综合考虑专家评估团队成员知识结构、研究领域、工作岗位等因素对评估结果影响的基础上，利用专家权重因子对模糊关系矩阵进行修正，提高模糊关系矩阵构建的合理性和实用性。分析导弹旅作战任务和作战指挥活动特点，构建导弹旅作战指挥效能评估指标体系，并运用改进AHP-FCE法实施综合评估，验证了方法的有效性。同时，针对评估结果分析重要参数的相互关系，提出参数设置建议。