银杏(Ginkgo biloba L.)作为裸子植物银杏纲中现存的唯一树种,素有"活化石"之称,同时又集叶、果、材、观赏用于一身,具有较高的经济和科研价值。为探究分布在我国5个省市7个地区的银杏古树的遗传多样性水平和群体遗传结构,本研究利用21个多态性SSR标记对7个古树群体共计214个古树样本进行了研究,共扩增出137个等位基因。结果表明,银杏表现出较高的遗传多样性水平(He=0.764),其中,湖北省境内的安陆(AL)、京山(JS)和随州(SZ)银杏古树群体的遗传多样性水平高于其他地区。银杏的变异主要存在于群体内,群体间的分化系数为9.4%(Fst=0.094),这可能与群体间较多的基因流有关(Nm=2.405)。通过对7个银杏古树群体的STRUCTURE、PCA和系统进化分析,结果均显示7个群体可明显区分为3类,其中,诸暨(ZJ)群体与其他群体表现出了明显的遗传分化。21个SSR位点在群体中均显著偏离Hardy-Weinberg平衡,人为干扰导致雌雄比例失衡可能是其重要原因。古银杏资源丰富的遗传多样性为今后利用提供了物质基础,应充分给予保护,尤其应重视雄银杏古树的保护。