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环境生态因子与野生紫斑牡丹种内空间遗传结构的分化密切相关.通过对紫斑牡丹空间遗传变异模式与生态环境因子（包括经纬度、海拔高度、1月和8月的平均温度、光照时间、年降雨量、年蒸发量、土壤类型）的相关性分析,表明空间遗传结构与空间地理距离和环境因子均呈正相关.空间上越接近的居群,环境地理与气象因子方面的差别就越小.生态选择（自然选择）对紫斑牡丹大部分居群的现有分布格局有相当大的贡献.