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比较了雌激素受体α、β的六个功能区，其中两者AF-2区的中心序列相同，而AF-1区无明显同源性。结构的不同决定了功能上的差异，雌激素受体α在介导雌激素的效应中起着主要的作用，受体β对受体α有抑制作用，且受体α、β在不同组织有不同的优势表达。在雌激素受体信号转导中的辅助因子有共激活因子和共抑制因子两大类。