【摘 要】
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目的:采用生物信息学方法筛选出肝癌的关键差异表达基因.方法:对GEO公共数据库中获取的四组肝癌和癌旁组织基因表达芯片数据进行生物信息学分析,首先用R数据包中的limma程序
【机 构】
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遵义医学院附属医院贵州省细胞工程重点实验室 贵州省遵义市 563003贵州省生物治疗人才基地 贵州省遵义市 563003;遵义医学院附属医院胸部肿瘤科 贵州省遵义市 563003;
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目的:采用生物信息学方法筛选出肝癌的关键差异表达基因.方法:对GEO公共数据库中获取的四组肝癌和癌旁组织基因表达芯片数据进行生物信息学分析,首先用R数据包中的limma程序分别对各数据集的差异表达基因进行初筛,再进一步应用Robust rank aggregation(RRA)法筛选出四组数据集共同差异表达的关键基因.结果:通过筛选共获得269个差异表达基因,其中上调基因76个,下调基因193个,筛选出的差异表达基因与现有文献报道一致.结论:RRA法是一种对多组基因表达数据进行差异表达基因筛选的可靠方法.本研究筛选出的差异表达基因,有望对肝癌发生的机制研究、肿瘤标志物的筛选以及治疗靶点的选择提供参考.
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