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考虑到同义密码子使用偏性的物种差异性，选取大肠杆菌的54条核蛋白为研究对象，将每条核蛋白按二级结构截取出α螺旋片段、β折叠片段和无规卷曲（α-β混合）片段，然后找到每个片段相关的核酸序列信息，计算其同义密码子使用度和相应肽链的折叠速率。在此基础上，分析了同义密码子使用偏性和相应肽链折叠速率之间的相关性，发现对于不同二级结构类的肽链片段，都有部分密码子的使用偏性与其对应的肽链折叠速率显著相关。因此，在蛋白质折叠中，同义密码子的使用偏性起着重要作用。