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基于某省自然科学基金项目财务检查的结果,结合国家颁布的新预算法、财政部颁布的新高校财务制度和新会计制度,以及财政科研经费管理部门出台的若干新规定,对我国高校科研项目间接成本的核算及补偿问题进行了研究。研究表明,我国高校科研成本核算在管理制度、核算方法、预决算体系及配套、财务管理系统及人员、人力成本补偿等方面存在一定程度的欠缺,并从统筹制定统一完整的科研成本管理制度、制定适合实情的科研成本核算方法、完善科研经费预决算管理体系、构建成本管理系统并配备相应人员、合理补偿人力成本等方面提出政策建议。