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小菊头蝠、单角菊头蝠和角菊头蝠在形态上甚相似，关于小菊头蝠和单角菊头蝠的分类地位问题存有不同观点．通过分析细胞色素b基因全序列探讨了小菊头蝠和单角菊头蝠的分类地位．应用MEGA2软件计算出小菊头蝠与单角菊头蝠之间的未修正序列分歧仅为1．2％～1．4％，二者与角菊头蝠之间的未修正序列分歧分别为2．5％～3．0％和2．1％～2．5％，未达到种间分歧值，因此认为小菊头蝠、单角菊头蝠和角菊头蝠应为同一种，并支持Ellerman（1951）和Koopman（1993）的观点：小菊头蝠和单角菊头蝠是角菊头蝠的两个亚种