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采用分子动力学方法研究激酶ABL与ATP位点小分子imatinib、P16及变构位点小分子STJ、MS7、MS9、3YY、MYR等的结合，并用GBSA（generalized Born surface area）方法将结合自由能分解到各残基．自由能计算结果表明，小分子STJ、MS7、MS9有利于imatinib与ABL结合：小分子STJ、MS7、MS9与激酶ABL的结合自由能接近，绝对值均大于ABL与3YY、MYR的结合自由能．能量分解表明。ABL残基ILE502、VAL506、LEU510与STJ和MY