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对引起我国南瓜曲叶病的病毒分离物ＤＮＡ的克隆和序列分析表明，中国南瓜曲叶病毒ＤＮＡ Ａ由２７４１个核苷酸组成，共编码６个开放阅读框（ＯＲＦ），其中病毒链有２个ＯＲＦ：ＡＶ１（２５６aa)和ＡＶ２（１４０aa)，ＡＶ１为外壳蛋白基因；病毒链的互补链有４个ＯＲＦ，ＡＣ１（２４３aa)编码复制酶基因，ＡＣ２（134aa)编码反式激活蛋白，ＡＣ３（１３６aa)和ＡＣ４（１７２aa)，该病毒属于旧世界Ｂegomoviruses，是一个粉虱传播的联体病毒。