为了解2012年-2013年云南边境禽流感病毒 H5N1亚型血凝素（HA）基因变异及进化特征，在云南边境采集境外家禽和野生鸟类棉拭子样品1500份，经禽流感病毒 H5N1亚型特异性多重 RT-PCR 检测，选择代表性阳性样品，进行病毒 HA 基因扩增、纯化、克隆和测序，并与已知毒株和参考毒株序列进行序列比对及系统遗传进化分析。结果自1500份样品中检出 H5N1亚型阳性样品60份，60份阳性样品病毒 HA基因测序获得23种 HA 序列，可划分为2个不同进化分支（2．3．2，2．3．4），2．3．2进一步可划分为3个进化小分支（Ⅱ-1～Ⅱ-3），在23份代表性阳性样品中，17份样品属于进化小分支2．3．2Ⅱ-1，3份属于2．3．2Ⅱ-2，其余3份属于2．3．4；阳性样品中病毒 HA 裂解位点序列均具有高致病性禽流感病毒分子结构特征，HA受体结合位点、糖基化位点、表位关键性氨基酸位点及其他氨基酸位点存在变异，部分位点的变异具有分支或亚（小）分支特异性。2012年-2013年期间云南边境禽流感病毒 H5N1亚型间具有遗传差异，进化分支2．3．2Ⅱ-1成为当地流行的优势毒株。