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以栽培芍药为材料,通过对ISSR-PCR反应体系中的Mg~(2+)、dNTP和Tag DNA聚合酶浓度的优化,以改进芍药的ISSR反应体系;从55对引物中筛选出4对有稳定扩增结果的引物;用这4对引物对22个芍药栽培品种的DNA进行扩增,其所得扩增产物与所选芍药性状经过数据处理后,用MATLAB软件分别进行聚类分析,结果表明供试芍药品种皆可分为3个类群,其分子标记与性状的聚类分析间有较强的相关性。