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查干花钼矿床是内蒙古中西部地区发现的典型大型斑岩钼矿床。宝音图群是成矿前的基底。矿区内岩浆岩主要为早二叠世灰色花岗闪长岩、早侏罗世黑云花岗岩。矿区构造较发育,矿床位于查干楚鲁断层(F13)和温德尔陶勒盖断层(F8)交汇部位的北侧。F13和F8两断层构成的"X"型断裂是该矿床的控矿构造,对该矿床的形成起着重要的控制作用。