传统观点认为，甲烷(CH₄)产生于严格的厌氧环境，在有氧环境中容易被氧化，但是许多湖泊表层有氧水体都出现了CH₄过饱和现象，这种现象被称为“甲烷悖论”现象。为了解释湖泊“甲烷悖论”现象，本文根据湖泊表层CH₄的来源，归纳出了“外来假说”和“自产假说”。“外来假说”假说认为，岸边浅水区底泥或消落区土壤产生CH₄向湖心表层水体横向扩散传输(F_L)，这种假说适应于岸边富含有机质的小型浅水湖泊。“自产假说”认为，湖心表层水体中产甲烷古生菌原位产生CH₄（P），这种假说适应于山区大型深水湖泊。此外，湖泊表层有氧水体中CH₄的来源还有湖泊周围河流的输入(F_R)、沉淀物或次表层水体的CH₄垂直向上湍流扩散(F_Z)、气泡CH₄溶解在表层水体中(F_D)等，而湖泊表层有氧水体中CH₄的损耗有“水-气”界面上气体排放（E）、CH₄氧化（O）等。在厘清湖泊表层水体中CH₄收支的基础上，建立CH₄质量收支平衡模型，有助于客观认识湖泊表层水体中CH₄的来源。实际上，湖泊表层水体中过饱和甲烷的来源与湖泊的环境特性有关，但数据分析方法、取样时段、湖泊环境条件等差异，容易造成“外来假说”和“自产假说”之争。