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沼气发酵残留物主要用作肥料，故又称沼气肥。沼气肥来自有机肥料又经在厌氧的特殊条件下发酵，它兼有有机肥和化肥两者的优点，养分“全、浓”，肥效“快、稳、长”，可以概括为“迟速兼备”。它可以作为基肥也可作为追肥。而且，沼气肥在经厌氧处理的过程中，病原菌和害虫卵被大量杀伤，减少了危害农作物的病原菌和虫口基数。