在广大农村地区进行的中小学撤点并校，曾被认为是合理优化农村教育资源，提高农村地区中小学教育质量的有效途径。然而，近些年，对一刀切的撤点并校政策的质疑之声也渐渐多起来。
　　在今年全国“两会”上，民进中央提交的提案显示，从2000年到2010年十年间，我国农村的小学减少了一半，平均每天消失56所农村小学，这成为诱发学生辍学的新影响因素。 2001年，国务院发布《关于基础教育改革与发展的决定》，提出要“因地制宜调整农村义务教育学校布局”。该决定的本意是整合农村教育资源，提高农村教育质量和办学效益，并对“撤点并校”提出了明确要求：“在交通不便的地区仍需保留必要的教学点，防止因布局调整造成学生辍学。”
　　尽管教育部一再强调，合并需适当，方便学生就近入学，在交通不便的地区仍需保留必要的教学点，然而，要以怎样的标准撤并学校，各地执行标准并不统一。许多地方在执行《决定》时，偏离了布局调整的初衷，以整合教育资源为借口，把撤并当成了唯一的目的，其实质是为了方便地方教育主管部门对学校的管理、并减少教育投入。现实情况是，越“在交通不便的地区”，撤并的力度越大，甚至发生过强行撤并事件。据民进中央的调查数据，从2000年到2010年十年间，农村小学减少了一半，从55万所减少到26万所，平均每天消失56所农村小学，初中从6.4万所减少到5.5万所。
　　1988年，美国华侨杨贵平第一次来到贵州农村，当地一些苗民虽然贫困到和耕牛同住一屋，却自豪地对她说，他们虽然穷，但是有苗歌苗舞，要共同建设家乡。然而当她最近一次去那里，留在村寨里的老年人向她抱怨，因为穷，他们什么也做不了，穷得完全没有希望。在她看来，这个失去希望的村寨，正是中国中西部贫困地区无数乡村的缩影：学校被撤，年轻人流失，村庄加速死亡。
　　上世纪90年代中期，教育财政和农村教育管理体制，还是县乡村三级教学，县乡两级管理，重心在乡镇。2001年，在前述国务院决定出台后，农村义务教育管理体制“实行在国务院领导下，由地方政府负责，分级管理，以县为主的体制”。
　　管理重心由乡镇提升到县一级，其实是农村税费改革后、乡镇财力更加薄弱的必然结果。但是以县为主后，校舍安全和拖欠工资的问题解决了，却又出现了新问题。管理部门管不过来这么多教学点，不得不撤并学校，以便缩短战线、减小开支。
　　2008年8月，陕西省汉中市西乡县进行了一项比较调研。以30年投入资金为单位，按2007年的各项经费支出为依照，如不撤并，全县186所小学共需投入26亿3千余万元；撤并后，生源聚集，效益提高，教职工相应减少，投入也随之降低为21亿3千余万元。也就是说，今后30年可以节约资金约5亿元，平均每年节约1000余万。
　　但是杨贵平并不赞成这样的算法。这位美国高中教师、中国滋根乡村教育与发展促进会的创始人认为，很多隐性成本只是转嫁到了家长身上。根据中国滋根乡村教育与发展促进会在河北省青龙县的调查，在村小上学，在家吃住，每个孩子每年上学花费不到500元。撤并后，食宿费、交通费、零用钱，每年高达2000元。有的县城学校无法寄宿或条件太差，家长还需在学校附近租房陪读。
　　而撤并学校更加速了乡村文化的衰落。学校本来是一个村落的文化中心，乡村教师往往是备受尊重的文化人，他们不仅教育孩子，还是成人咨询、受教的对象，过年写对子、帮忙看说明书、修电视，甚至解决争端，都需要他们。但随着村里学校消失，孩子和家长外出，以及农民工的迁移，村落成了老人和困难人群的聚集地，文化活动也由于人口锐减而基本停顿。
　　鉴于此，民进中央建议国家教育主管部门尽快出台《关于农村学校布局调整若干规定》。在该规定中要对几个方面作出明确规定。首先应明确规定调整的重点与补偿机制。应重点对小学布局调整的原则作出明确规定，并阐明保留村小和教学点的重要意义。对因农村学校布局调整导致的弱势群体上学成本增加，政府为由此产生的额外负担进行补偿，建立相应的补偿机制。其次，应明确规定农村学校撤并的标准。考虑到全国各地具体情况的不同，农村学校撤并可实行“底线+弹性”的标准进行综合评价。“底线标准”包括：该乡镇只有一所小学；跨越不同民族、宗教群体的学校，或邻近宗族之间存在矛盾冲突；邻近学校的交通道路存在重大安全隐患，如泥石流、山体塌方、江河决堤、野兽出没等；学校建筑历史超过100年以上；60%以上社区居民强烈反对等。应明确，只要符合上述任何一条，原则上就不宜进行撤并。最后，还应明确规定农村学校撤并的基本程序。
　　今年的政府工作报告针对农村中小学布局调整提出，要因地制宜，处理好提高教育质量和方便孩子就近上学的关系。这被认为是当前撤点并校工作的总的指导原则，但正如全国人大代表、湖南益阳市委组织部部长彭爱华所言，关键是“各地要落实好总理的要求，要做好布局调整，必须因地制宜，合理规划。”