中国-日本植物区系极高的物种多样性是由多样的地形和气候条件、复杂的地质气候历史和海平面变化共同作用形成的。在揭示物种多样性形成和分化的驱动力时,谱系地理学是一个有效的手段。以往的谱系地理研究表明谱系地理间断,即不同基因谱系间的间断普遍存在。由西向东,7个普遍存在的谱系地理间断位置位于湄公河-怒江分水岭、田中-楷永线、四川盆地、105°E附近、第二三阶梯分界线、华北地区以及东海和朝鲜海峡。这些谱系地理间断的形成可归因于历史因素和生态因素,往往由地理隔离和环境隔离共同起作用。历史因素是地质事件和气候变化,主要包括青藏高原隆起,亚洲季风和内陆干旱的形成与增强,干旱带的重新增强以及第四纪的气候波动和海平面变化。生态因素是适应性分化,即不同环境中不同选择压力下形成的分化,适应性分化可阻碍不同种群间的基因流,形成谱系地理间断。不过,同一谱系地理间断并不是在所有植物中共享,因为不同植物有不同的生物学特性,主要是扩散能力不同。最后,该文从分化时间的准确估计、地理隔离和环境隔离的相对贡献率以及比较谱系地理学的应用3个方面对未来谱系地理间断研究的发展趋势进行了展望。