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出土文献促使我们反思过去研究方法中存在着的问题，但这种问题并不是简单地依靠反“疑古”，反“默证”就能解决。无论是“疑古”或“走出疑古”，使用“默证”或反对使用“默证”，其背后的思维方式都和20世纪进化主义立场和实证主义研究法有关。出土文献给予思想史研究方法论的意义在于：第一，促使我们反思过去进化主义加实证主义背景下研究方式的弊端。第二，使哲学史进一步还原为思想史，使文史哲重新归结为古典学。今后的研究应该特别注意论据的客观性、结论的有效性、反证的可能性、把握的分寸感，以及对多元结论的宽容心、对正确结论出现的