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本文综合运用SBM模型和SBM超效率模型,测算了福建1990-2014年不含和包含碳排放产出的农业生产超效率并进行无效率的来源分解,最后对农业生产效率的影响因素进行Tobit回归。结果表明：碳排放对福建农业生产效率的影响由早期（1990-2000年）的正面影响转为后期（2001-2014年）的负面影响;早期农业无效率来源于土地和农村居民人均收入,后期来源于化肥、机械和碳排放;机械、灌溉、土地、资本与产业的改善对福建农业生产效率的提高有显著影响,而教育、电力、城镇化的影响并不显著。