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20世纪50年代以来，土地开发和农业发展改变了焉耆盆地天然条件下有序的水盐运移模式，导致灌区土壤次生盐渍化、博斯腾湖水环境恶化。在分析该区水文循环系统的基础上探讨了水文循环模式、天然条件下盐分迁移与人类活动影响下区域、剖面源到汇的盐分迁移规律以及盆地内不同层次的盐分均衡，并提出了该区土壤盐渍化治理、博斯腾湖湖水环境改善归根结底是调控盆地内的盐分时空分布，认为水资源的合理配置是实现盐分区域调控的主要途径。