基于16S rDNA序列分析研究根腐病三七根内可培养细菌的多样性

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目的分析根腐病三七根内可培养细菌的多样性。方法用牛肉膏蛋白胨培养基分离根腐病三七根内的细菌,经细菌通用引物27F/1492R扩增16S rDNA后,分别用Rsa I和Hin6 I限制性内切酶对扩增产物进行酶切,结合限制性片段长度多态性(RFLP)分析方法和DNA测序技术,对分离自根腐病三七根内的细菌进行初步鉴定。结果根腐病三七根内的细菌分属于8个类群,依占总菌数的比例分别是芽孢杆菌属Bacillus 22.47%、无色杆菌属Achromobacter 5.62%、寡养单胞菌属Stenotrophomonas 5.62%、类芽孢杆菌属Paenibacillus 4.49%、鞘氨醇杆菌属Sphingobacterium 1.12%、苍白杆菌属Ochrobactrum 1.12%、不动杆菌属Acinetobacter 1.12%及肠杆菌科的一些属58.43%。结论泛菌属和芽孢杆菌属是根腐病三七根中的两大优势细菌类群。 Objective To analyze the diversity of culturable bacteria in root rot of Panax notoginseng. Methods Bacteria were isolated from root rot of Panax notoginseng by beef extract peptone culture medium. After amplifying 16S rDNA with common bacterial primer 27F / 1492R, the amplified product was digested with restriction endonucleases Rsa I and Hin6 I, respectively , The bacteria isolated from the root rot of Panax notoginseng were preliminarily identified by using the method of restriction fragment length polymorphism (RFLP) and DNA sequencing. Results The results showed that the bacterial species in Panax notoginseng root belongs to 8 groups, accounting for 22.47% of Bacillus species, 5.62% of Achromobacter species, 5.62% of Stenotrophomonas species, 4.49% of Paenibacillus, 1.12% of Sphingobacterium, 1.12% of Ochrobactrum, 1.12% of Acinetobacter and 58.43% of some Enterobacteriaceae. Conclusion Pantoea and Bacillus are the two dominant bacterial groups in root of Panax notoginseng.
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