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用快速蛋白液相层析（EPLC）分析酵母，痘苗病毒，哺乳动物细胞（CHO）基因重组HBsAg的纯度，均为单一蛋白峰。用FPLC也能观察到残余小牛血清、硫柳汞。在SDS-PAGE电泳HBsAg肽图上酵母基因重组的HBsAg是一条带，痘苗病毒基因重组的HBsAg是二条带，而CHO基因重组的HBsAg是三条带。用激光扫描分析SDS-PAGE肽图，血源HBsAg和痘苗病毒HBsAg峰一致。并用TCA-Lowry法测定基因重组HBsAg的含量。