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为揭示酸性矿山废水(Acid mine drainage,AMD)影响下水库水体中细菌群落结构特征及影响因子,对贵州省兴仁市3座受AMD影响与1座未受AMD影响水库样品进行了对比研究,利用16S rDNA高通量测序技术分析揭示细菌群落结构特征,并通过冗余分析(Redundancy analysis,RDA)探明影响水体细菌群落变化的主要环境因子.结果表明,受AMD影响水库水体中各主要阳离子(Ca2+、Na+、Mg2+、Fe2+、Mn2+、Cu2+、Zn2+、Ni2+)、SO42-浓度及电导率值均高于未受AMD影响的水库,而DOC和pH值均低于未受AMD影响的水库.变形菌门(Proteobacteria)是受AMD影响水库水体的主要细菌门类,在3个受影响的水库中均占比95％以上.在属分类水平上,红杆菌属(Rhodobacter)、不动杆菌属(Acinetobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)和铁氧化细菌属(Ferrovum)是受AMD影响水库水体中的主要菌属;未受AMD影响水库水体细菌群落中,放线菌门(Actinobacteria)和变形菌门(Proteobacteria)为主要细菌门类,占比分别为48％和29％,主要菌属为发光杆菌属(Ilumatobacter)、不动杆菌属(Acinetobacter).分析表明,受AMD影响水库细菌群落结构特征与未受AMD影响水库细菌群落存在明显差异,推测DOC、pH及Na+浓度对此差异起主导作用.本研究可为科学认识受AMD影响水体微生物群落与环境因子之间的关系提供依据.