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通过分析实施基本药物制度对基层医院运行的影响，认为基层医院硬件水平在提升，但是对病人吸引力在下降；基本医疗服务绝对量增加，但是相对量下降，盈利能力下降；财政拨款增加，但是占业务收入的比例先升后降；人员技术水平较低，难以实行绩效工资；药品收入仍是医院收入的主要来源；工资福利支出增长最快。分析原因，主要是基层对基本药物制度认识不到位，补助不到位且没有因地制宜，基本药物目录和医保用药目录差异较大，基层医院基本药物改革单兵突进。