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卫星导航系统对卫星钟进行实时监测,产生的星地钟差数据量很大,需要进行压缩以便于存储和传输。本文提出一种增量压缩算法,对连续的钟差数据作单差处理,得到平稳的钟差增量序列,相比原来的钟差序列,幅值大幅压缩。对于数据中断和跳变情况,采用跳变探测和剔除算法,并对中断数据进行内插,得到等间隔和幅值有限的钟差增量序列,对增量进行量化时还要消除累积误差和量化偏差。实验数据表明,采用增量压缩算法可以将1天的星地钟差数据压缩90%。