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采用生态系统健康结构和功能指标建立了由物理化学指标体系、生态指标体系2个二级指标体系组成的生态系统健康评价指标体系。将多级灰关联理论引入系统综合评价之中，采用多级灰关联评价方法和综合营养状态指数评价方法相结合，对博斯腾湖自2001年以来水生态健康变化情况进行了综合评价与分析。评价结果显示，自2001年以来博斯腾湖的生态系统健康状态总体情况为中等，自2007年以来生态系统健康综合指数呈一定的下降趋势，并找出了导致水环境恶化的主要原因。