第一是水源。保护的目光要指向所有注入长江的河流和湖泊。通过源头的保护达到长江水源充足和水源干净两个目的。
　　第二是水质。水质是长江保护的重点，而保护水质主要就是控制住污染，把对长江的排污抓住了，水质就得到保护了。排污从大处讲就是两个方面：一是江面的排污，各种船舶的排污就属于这一类；二是江岸的排污，包括长江干流和支流在内的沿岸形形色色向长江的排污，其中城市下水道排污、工厂排污、岸边养殖排污，是需要严格治理和监管的3个重点。
　　第三是水系。长江的每一条支流又都有自己的支流，而且支流还有支流，如同子子孙孙。这个水系家族的任何一条支流的水质如何，包括流域中的湖泊、湿地等都会影响长江。所以，保护长江就是要保护整个长江水系。这就要求长江流域总动员，统一认识，整体行动。
　　第四是水路。長江水路并不是取之不尽的，它有一个承载量的问题，更有一个航运安全和水路保护的问题。
　　第五是水岸。保护长江流域的水岸，目的主要是两个方面：一是严防长江危害，长江流域的每一次洪水泛滥，都对百姓的生命、财产和生存环境造成了极大危害，多年来一直是我们的心腹大患，因此要继续做好长江水岸的保护工作；二是防止长江水岸的地质灾害，比如塌方问题和其他地质灾害的问题。
　　第六是水生态。水生态状况既是水质状况的反映，如长江中的白鳍豚、中华鲟、长江鲟、白鲟、鲥鱼等珍稀野生鱼类濒临灭绝，既有滥捕问题，也反映了水质问题。同时水生态的状况也对水质产生重要影响，如沿岸植被如何就与水质密切相关。水生态和水天生是一家，如果一个遭到破坏，另一个也会受到影响。所以，保护长江就要努力改善长江流域的动植物生态环境。