根据拟南芥PIN3 cDNA序列设计引物,通过逆转录PCR(Reverse transcription-polymerase chain reaction)克隆荠菜中PIN3的同源性cDNA。同时利用染色体步移法从荠菜基因组中克隆该基因上游1 488bp含启动子的基因组DNA序列。序列分析表明,荠菜PIN3基因cDNA全长1 950bp,可编码1个含有649个氨基酸的推导蛋白。荠菜PIN3 cDNA与拟南芥PIN3 cDNA具有91%的同源性,2种PIN3推导蛋白的同源性也高于90%。将克隆的荠菜PIN3基因启动子序列与拟南芥同源基因启动子序列进行比较分析,两者同源性为82%。荠菜PIN3启动子含有真核生物典型的TATA-BOX、CAAT-BOX、光响应元件、水杨酸响应元件、厌氧诱导响应元件和胚乳高水平表达响应元件等。与拟南芥PIN3启动子相比,二者除了含有相同的启动子基本元件和部分光响应元件外,还含有差异性的光响应元件以及不同的与胁迫反应相关的顺式作用元件。判断上述差异可使二者在心皮发育过程中通过不同的生长素运输模式调控其形态发育。