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辽粳399是辽宁省水稻研究所于2002年辽河5号为母本,以沈农9741为父本进行杂交,2004年种植F2代,群体优势较强,从中选出部分优良单株,2005年F3代分别种植成株系,秋季有从中选择优良单株,2006年参加早代鉴定,并种植其余株系,秋季从优良株系中选择优良单株,2008种植F5代选出表现稳定株系16个。